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从质谱数据鉴定多肽/蛋白质 Key advantage of proteomics Researchers work on the level of gene products and deal with genes that are really expressed to give a detectable PRODUCT and are not just expressed“ which only says they produce a detectable mRNA but it is not clear whether there is a gene product or not. Key limitation of proteomics Usually, only a fraction of the proteins synthesized can be detected in a proteomics experiment, whereas the expression of ALL genes can be monitored in a whole-genome array experiment. Key prerequisite of proteomics A genome sequence for the investigated organism or at least a collection of many cDNA sequences is required. MALDI m/z spectrum of a peptide mixture The Quadrupole Ion Trap Mass Analyzer Fourier Transform MS 讲座大纲 本讲座中，将讲述三种鉴定蛋白质的方法。 1。质量纹鉴定法（Peptide Mass Fingerprinting） 2。二级质谱的手工鉴定法（De novo Sequencing)。 3。二级质谱的数据库有哪些信誉好的足球投注网站鉴定法（MS/MS Database Searching）。 鉴定多肽的流程 多肽质量纹鉴定 多肽质量纹（Peptide Mass Fingerprinting，PMF）是从一级质谱（MS）中鉴定多肽的主要方法。 多肽质量纹一般都用于分析2DE-MS的结果，不适宜分析多个蛋白质的混合物。 其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息。 一级质谱图 蛋白质经过酶解后，送入质谱仪，得到一级质谱。 从一级质谱鉴定蛋白质的算法（质量纹）主要用在MALDI-TOF产生的质谱图上。 目前来说，由MALDI-TOF质谱仪产生的质谱图精度较高。 另一个问题是，ESI产生的质谱图中的离子通常带有很多电荷，而MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算。 蛋白序列数据库 在网上可以查询到必威体育精装版的蛋白序列数据库，如IPI，swissprot等等 下载FASTA格式 Protein sequence database Uniprot（包含Swissprot和Tremble） Integr8 FASTA格式的数据库 FASTA格式包含蛋白的名称和氨基酸序列。 虚拟酶解 有了蛋白序列的信息，我们就可以进行鉴定。 对应于送进质谱仪的样品，首先找到数据库里的序列的酶切位点。 质量排列 这样可以产生一系列的多肽，我们可以计算每个多肽的分子量。 最后一个R的质量多加了18，这是因为我们写在下面的是残基的分子量。 质量排列 把所有多肽的分子量排序。 质量纹 如此，质谱图上的质量就可以与多肽上的质量相匹配。 质量纹 这就是多肽质量纹（PMF）的最基础的思路。 但是，真正的将之作为一个鉴定蛋白质的方法，还有很多需要考虑的问题。 PMF中的问题 第一个问题：质量相近的多肽怎么处理？ 在现实的蛋白数据库中，多肽的数量是很庞大的。这里面难保不会有质量非常相近的多肽。这样，就造成了质谱图上的一个峰可能匹配不止一个多肽，于是我们就难以知晓这张质谱图究竟代表哪个蛋白。 质量相近的多肽 解决方案 第一个解决的办法是限制用来有哪些信誉好的足球投注网站的数据库。比如，你如果做的试验用的是小鼠的组织，那么你可以只在小鼠的数据库中有哪些信誉好的足球投注网站，这样就可以减低出现这种情况的可能性。 第二个解决的办法是要求必须有多个多肽和数据库相匹配，才做出最后的蛋白质鉴定。 多匹配 长蛋白和短蛋白 第二个问题：长蛋白可能会更容易的被匹配。 因为长蛋白里的多肽数目较多，以概率来算，匹配上的几率也会比较大。 质量纹算法必须考虑这个问题，给短蛋白一定的补偿。 多个蛋白的情况 第三个问题就是在一张质谱图中可能有多个蛋白存在。 通常，MALDI-TOF是与双向电泳连接使用。双向电泳的一个电泳点上可能有2-3个蛋