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一、各种文件的介绍：1 in file:建立该文件以便程序的写入2 log file：写入状态信息（if the switch is used?）3 screen file??决定结果的是否进行屏幕输出4 var name file 定义一个变量，name指变量名，可为字母也可为字符串，形式$x / $ {abc}二、屏幕输出：结果显示在屏幕上，同时在log file 中。开始前LAMMPS计算出所需的存储空间，运行中每隔几个时步显示一次热力学状态，直至输出最终状态。Loop time of 49.002 on 2 procs for 2004 atoms? ???该部分显示了几个大类的计算时间Pair time (%) = 35.0495 (71.5267)Bond time (%) = 0.092046 (0.187841)Kspce time (%) = 6.42073 (13.103)Neigh time (%) = 2.73485 (5.5811)Comm time (%) = 1.50291 (3.06703)Outpt time (%) = 0.013799 (0.0281601)Other time (%) = 2.13669 (4.36041)Nlocal: 1002 ave, 1015 max, 989 min? ?? ?? ?每个处理器中特定原子的数目??Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1Nghost: 8720 ave, 8724 max, 8716 minHistogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1Neighs: 354141 ave, 361422 max, 346860 minHistogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1Total # of neighbors = 708282Ave neighs/atom = 353.434Ave special neighs/atom = 2.34032Number of reneighborings = 42Dangerous reneighborings = 2当运用了能量最小化命令进行能量最小化时，还将出现如下所示语句：Minimization stats:E initial, next?to?last, final = ?0.895962 ?2.94193 ?2.94342??（显示初终能量以及next-to-last 循环的能量）Gradient 2?norm init/final= 1920.78 20.9992??（给出能量梯度，即所有原子的受力）Gradient inf?norm init/final= 304.283 9.61216? ?2-form是力向量的长度，inf-form是最大构成？Iterations = 36? ?? ?? ?? ???循环次数?Force evaluations = 177? ? 对力进行评定的次数当程序中有kspace_style long?range Coulombics solve，将会显示以下语句：FFT time (% of Kspce) = 0.200313 (8.34477)??完成3d FFT计算的时间及在总时间中占的百分比FFT Gflps 3d 1d?only = 2.31074 9.19989每秒执行的浮点指令次数（flops）为5N*log(2N),N为3维晶体中的节点数The 3d rate is with communication; the 1d rate iswithout (just the 1d FFTs).在GPU（图形处理单元）上的运行三、指令系统介绍（*）一般来说指令的顺序并不重要，胆在以下几种情况中必须注意：1? ?? ?? ?LAMMPS并不是全部读完所有指令才执行，而是读一行执行一次，因此下面的两组语句是不同的： timestep 0.5? ?以下的两个模拟其步长均为0.5 fmsec run 100 run 100 run 100? ?? ?? ?第一个模拟采用缺省值步长为1 fmsec timestep 0.5 run 100? ?? ?? ?第二个采用步长为0.5 fmsec2? ?? ?? ?某些指令只在其他指令之后才生效，如要得到系统温度必须先进行各种定义3? ?? ?? ?若A指令在B之前，B可以引用A定义的变量四、语法规则?在LAMMPS中要区分大小写，一般指令名称用小写字母，文件及用户定义IDStrings 用大写。?LAMMPS对每行语句的语法要求如下：1? ?? ?? ?当语句太长一行放不下时，在语句一行结束的时候输入字符 “” 表示下一行的语句接着上一行继续。2? ?? ?? ?在#之