萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装assemblingandsequencing.pdfVIP

分子植物育种(网络版), 2016 年, 第14 卷, 第1008-1015 页 Fenzi Zhiwu Yuzhong (Online), 2016, Vol.14, 1008-1015 /index.php/mpb 研究报告 Research Report 萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装 段乃彬 , 王俊峰 , 白静 , 谢坤 , 王效睦 山东省农业科学院农作物种质资源中心, 济南, 250101 通讯作者, w2086@163.com; 作者 分子植物育种, 2016 年, 第14 卷, 第2 篇 doi: 10.5376/.2016.14.0002 这是一篇采用Creative Commons Attribution License 进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许并同意第三方无条 件的使用与传播。 引用格式(中文) ： 段乃彬等, 2016, 萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装, 分子植物育种(online), 14(2): 1008-1015 (doi: 10.5376/.2016.14.0002) 引用格式(英文) ： Duan et al., 2016, Assembling and Sequencing of Chloroplast and Mitochondrial Genomes of Radish (Raphanus Sativus L), Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding), 14(2): 1008-1015 (doi: 10.5376/.2016.14.0002) 摘 要 为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系，本研究对4 个萝卜雄性不育系及 1 个萝卜雄性不育保持 系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90 策略，获得Clean data 有1.2 G bp 。通过数据过滤、计 算测序深度及Kmer 频度分析，确定了组装的mer 值及覆盖度参数。我们先用Clean data 组装叶绿体基因组，再用过滤的数 据组装线粒体基因组，最后利用Sanger 测序填补Gap 来得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在 153 352~153 445 bp 之间，线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp 之间，均包括1 个LSC ，1 个SSC 及1 对反向重复序列。 基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87 个蛋白基因、20 个t RNA 基因及4 个rRNA 基因，线粒体基因组则编码了82 个 蛋白基因，17 个tRNA 基因及3 个rRNA 基因。 关键词 萝 卜; 线粒体; 叶绿体; 基因组; 测序与组装; Kmer 分析 Assembling and Sequencing of Chloroplast and Mitochondrial Genomes of Radish (Raphanus Sativus L) Duan Naibin , Wang Junfeng , Bai Jing , Xie Kun , Wang Xiaomu Shandong Centre of Crop Germ-plasm Resources, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, 250101 Corresponding author, w2086@163.com; Authors Abstract We hereby sequenced and assembled mitochondrial and chloroplast genomes of 5 accessions of Raphanus Sativus L, for the purpose of determining the mechanism of radish cytoplasmic male sterility. After chloroplast and mitochondrial DNA were extracted, PE libraries with an insert size of 500 bp were constructed. The sequenced PE90 r