鼠疫菌3种常见质粒的结构特征分析.pdfVIP

中国媒介生物学及控制杂志2015 年2 月第26 卷第1期 Chin J Vector Biol Control, February 2015, Vol.26, No.1 ·33 · ·论 著· 鼠疫菌3 种常见质粒的结构特征分析 梁莹，海荣，蔡虹 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所，传染病预防控制国家重点实验室，北京102206 摘要：目的 研究鼠疫菌基因组中3 种常见质粒的基因构成和分布特征。方法 应用编码基因序列相似性比对和 生物信息学软件自动分析2 种方法，分别对国际上已完成全基因组测序的9 株鼠疫菌的鼠毒素质粒（pMT1 ）、低钙反 应质粒（pCD1 ）和鼠疫菌素质粒（pPCP1 ）进行整体结构的比较分析。结果 pMT1 质粒上存在基因大片段的重新排 列，整条质粒被划分成4 个主要的基因模块。CO92、KIM 和91001 菌株分属于东方型、中世纪型和田鼠型3 个不同的 生物型，他们的pMT1 质粒结构各有特点；Nepal 516 等其余6 株菌均是古典型鼠疫菌，他们的pMT1 质粒结构基本一 致，且与其他3 个生物型鼠疫菌株的pMT1 质粒结构不同。pCD1 质粒被划分成3 个主要的基因模块，但整体结构在 不同菌株中并无差异，只有IS100 在质粒中的插入位置各不相同。pPCP1 质粒上所有编码基因的排列顺序和方向在 各菌株中完全相同。结论 鼠疫菌pCD1 和pPCP1 质粒的基因结构比较稳定，而pMT1 质粒结构在鼠疫菌的长期进 化过程中发生了一定程度的变异。 关键词：鼠疫耶尔森菌；质粒；结构 中图分类号：R254.8 文献标志码：A 文章编号：1003-4692（2015 ）01-0033-05 DOI ：10.11853/j.issn.1003.4692.2015.01.008 StructuralfeaturesofthreecommonplasmidsinYersiniapestisstrains LIANG Ying, HAI Rong, CAI Hong State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China Corresponding author: HAI Rong, Email: hairong@ Supported by the Special Fund for Health Sector, People ’s Republic of China （No. 201202021） Abstract: Objective To study the features of gene composition and distribution of three common plasmids among different Yersinia pestis strains. Methods The global structure of three plasmids, pMT1, pCD1, and pPCP1, in the nine Y. pestis strains with completed whole genome sequencing was comparatively analyzed by homologous alignment of coding sequences and automatic ana