基因芯片数据库GEO与ArrayExpress的使用及比较分析.pdfVIP

第2 Vol. 4卷第12期 中国现代医学杂志 24 No.12 2014年4月 China Journal of Modern Medicine Apr. 2014 文章编号： 1005-8982（2014）12-0038-05 ·综述· 基因 的使用及比较分析 周大琼 1 ，曹继华 1 ，任力锋 2 综述 张阳德 1 审校 1.中南大学湘雅医院肝胆肠外科研究中心，湖南长沙410008； （ 2.中南大学生物医学工程研究院，湖南 长沙410008） 摘要：本文比较 了两种常用综合基 因芯片数据库 GEO 与 ArrayExpress 的使 用。从数据库概念与结构、检 索、上传与下载方法及数据分析方式等几个方面进行 比较分析 。两个数据库均分为原始数据库与集成数据库两 部分，GEO 的原始数据又分别放置于平 台、样本和系列 中；检索结果 内容有很 大的相似性 ；但 ArrayExpress 同时 引用 了 GEO 中的数据 ；数据上传 需要运 用数据库 自带的上传工具 ；数据下载可直接在线进行 ；两个数据库均 带有分析工具 。两个数据库各有特点，使 用者可根据研究 需要和 自身喜好进行选择或综合利用。 关键词：GEO；ArrayExpress ；使 用；比较 中图分类号：R-1 文献标识码：A Usage and comparative analysis of GEO and Arrayexpress Microarray Database 1 1 2 1 HOUDa-qiongCAOJi-huaRenLi-fengZHANGYang-de Z , , , (1. National Hepatobiliary and Enteric Surgery Research Center, Central South University, Changsha, Hunan 410008, P.R.China; 2. Institute of Biomedical Engineering, Central South University, Changsha, Hunan 410008, P.R.China) Abstract: This paper compares the two kinds of commonly used gene chip databases GEO and Arrayexpress. And do a comparative analysis from several aspects, such as concept and structure of the database, retrieve, upload and download method,data analysis methods and so on. This two databases are both divided into two parts