NTsys-pc使用 进行RAPD等分子标记数据分析,需要用一些专 ….pdfVIP

NTsys-pc 使用 进行 RAPD 等分子标记数据分析，需要用一些专用软件，国内早些时候有人用 POPGENE软件， 该软件特点是数据处理简单，但功能有限！目前国外常用的软件是 NTSYS，该软件虽然不大， 但五脏俱全，只可惜它的说明书里关于数据的处理没有详细的样板，给不太熟悉计算机的科 学研究者带来了很大的麻烦！最近关于该软件发表的题目较多，但是全面系统的介绍该软件 使用的未见！基于此，我呼吁咱们开设一个专题，专门来讨论这一软件！祝大家新年快乐！ 我目前正要研究该软件！有新的体会会与大家来分享的，呵呵！！ ntsys 软件使用方法集锦！ ntsys 软件在遗传多样性分析中有很好的用途，本帖的目的是把其应用方法集中一下，供大 家使用，希望大家也能把自己知道的各种使用方法贴上来交流。 文献 1：是关于数据的输入，做聚类分析。 文献 2：求遗传距离（有的文献上是先求 DICE 系数即相似度，然后用 1-DICE，即为遗传距 离，这样求的结果跟文献二的结果不同，有明白的谷友吗？） 文献 3：做Principal Coordinate Analysis 几个分子生物学分析软件 NTSYS,POPGENE,WINAMOVA,AMOVAPREP、DCFA 等 哪位有需要的可回帖或加我 Q 另外，关于 AMOVA 的使用，在网上能有哪些信誉好的足球投注网站到的教程几乎没有，我也是摸索了一下才明白，由 于 AMOVAPREP 的数据有限制，因此推荐张富民和葛颂一文介绍的 DCFA，这个软件没有数据 输入限制，对数据量大的建议使用。但是 DCFA，WINAMOVA 在使用过程中都会出现奇怪的错 误，对于这个主要是存在空格回车等问题，自己将文件稍做修改一下即可。 因为上传好像下载要金币是吧，这样不方便了，有些人就下不到了 当然了，在这要感谢下中科院植物所的葛颂老师，因为 DCFA 软件我也是发了邮件向他要的， 所以也很感谢他，否则也不能顺利运算！ 我这里也没有中文的操作,其实整个操作过程并不复杂,数据按照给的软件本身的例题输入 就可以了,主要问题在于有时候运行会出错,特别是用 WINAMOVA 的时候会出现群体数量不够 的错误,我做的时候有出现，所以我只是自己摸索到了解决的方法,就是空格的问题,如果有 需要我找个时间做一个中文的上来,可是关于空格的问题不好写就是了,而且 AMOVAPRE 本身 对数据量有限制,所以数据过多的话需要用 DCFA辅助解决,就不用 AMOVAPRE 了 关于主成份分析的一些问题 一些关于遗传多样性分析的文章中常常会用到主成份分析或者主坐标分析，请问各位，主成 份分析和主坐标分析有什么区别？本人用 NTSYS 生成主成份分析图后，发现图中不同地点或 不同居群样品不能用不同的符号相区分，不知各位高人是用什么软件做主成份分析的呢？最 好介绍一种在主成份分析图中能将不同居群样品用不同符号相区分的方法。另外，遗传多样 性分析文章的结果分析中一般会有“第一主成份占遗传变异的***%，第二主成份占遗传变异 的***%”，这些结果是如何得来的？在主成份分析的图中能看出来吗？敬请各位指点。在下 不胜感激。 有哪些信誉好的足球投注网站更多相关主题的帖子: 成份 和大家分享免费的免安装 NTSYS2.10 版及中文说明书 本帖隐藏的内容需要回复才可以浏览 在应谷友的强烈要求下，作为送给谷友们的新年礼物，现免费提供 NTSYS2.10 免安装下载（压 缩包内带有 NTSYS 中文说明书），希望大家能强烈支持下。 NTSYS 是一个聚类分析的软件，可以用来分析 RFLP，RAPD，ISSR，AFLP 等电泳带型，也可 用于微生物群落多样性的相似性分析。利用 NTSYSpc(2.10e 版)软件进行数据处理，应用 SIMQUAL (Similarity for Qualitative Data)法计算各无性系间遗传相似系数(F)和遗传距 离(D)。用 SAHN (Sequential Agglomerative Hierarical Nested cluster analysis)功能， 按照非加权成组配对法(UPGMA)进行聚类分析。压缩包内中文说明就是手把手教怎样使用该 软件构建聚类分析图。 关于读带的问题，是数据判读的关键，但主要还是以人工判读为主，几个原则，也是自己的 心得，一、位置通过 MAKER 来决定；二、先确定各引物的扩增总带数，模糊不清的，重复性 不高的，不读；三、同一个位置，不管明亮程度，只读为一个位点；四、可以采取多次判读 或多人判读的方式来减少主观误差；五、带型是怎样的