第6讲序列分析实例.docVIP

PAGE PAGE 39 对一条新的基因序列进行生物信息学的分析 前言 对从真菌Ａ．tabescens中克隆出一个基因的全长cDNA进行生物信息的分析，预测这个未知cDNA的功能．目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。本章的分析主要利用这些数据库和相关软件完成。材料和仪器（1）生物技术实验室从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098克隆出一个全长cDNA（命名为man）（2）可以连接国际互联网的计算机核酸序列的基本分析运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本）软件对man做酶切谱分析。碱基同源性分析运用NCBI信息库的BLAST程序对man进行碱基同源性分析(Translated query tien database(blastx))网站如下： HYPERLINK /BLAST/ /BLAST/参数选择：Translated query-protein database [blastx]； nr;stander1开放性阅读框（ORF）分析利用NCBI的ORF Finder程序对man做开放性阅读框分析，网址如下： HYPERLINK /projects/gorf/orfig.cgi /projects/gorf/orfig.cgi参数选择：Genetic Codes：1 Standard对蛋白质序列的结构功能域分析运用简单模块构架有哪些信誉好的足球投注网站工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对manORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。[12]网址如下： HYPERLINK http://smart.embl-heidelberg.de/ http://smart.embl-heidelberg.de/运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSMs Expect：0.01 Filter：Low complexitySearch mode：multiple hits 1－pass同源物种分析用DNAMAN软件将蛋白质序列与GHF5的?-甘露聚糖酶序列和GHF6的?-甘露聚糖酶序列序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。蛋白质一级序列的基本分析运用BioEdit（版本）软件对man ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。二级结构和功能分析信号肽预测利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。网址如下： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/参数选择：Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；疏水性分析利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics， SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序[13]对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析网址如下： HYPERLINK /cgi-bin/protscale.pl /cgi-bin/protscale.pl参数选择：蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 的分析利用美国哥伦比亚大学（Columbia University）的PredictProtein服务器（PHD）[14]对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search 分析的结果。网址如下： HYPERLINK /pp/submit_def.html /pp/submit_def.html磷酸化位点分析磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序[15]做磷酸化位点分析。NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测，网址如下： HYPERLINK http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ http://www.cbs.dtu.