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1、2、3、内容简介：本研究介绍了一种应用重测序方法进行数量性状基因座（QTL）定位的方法，该方法选用的研究对象可以是具有极端性状的一对品种杂交后获得的近交重组系群体（RILs）或F2代群体，选择群体中具有两种不同极端性状的20-50个个体分别构建DNA混池后进行重测序，通过对比两个混池的SNP位点的测序深度相关的一个参数（SNP-index）来定位QTL。该方法能用于群体遗传学研究，能快速识别人工选育及自然选择发生的染色体区域。?文章解读:本研究选用两个在同一性状上表型相反的两个品种作为亲本，杂交后获得F2代，再通过单粒传自交至F7代，获得近交重组系群体（RILs）。如果群体中此性状的符合正态分布，则说明此性状关联的基因座是数量性状的，可以进行QTL分析。这里，我们选择这个群体中此性状表型最明显和最不明显的个体作为研究对象，一般选择20-50个个体分别混池，产生两个池，分别为最强表型池和最弱表型池。然后对两个混池分别进行重测序，采用的测序平台为Illumina Genome Analyzer IIx，测序深度一般要大于6×，这两个池所代表的的应该是某个基因组区域的两个等位基因各自所对应的表型。由此，我们观测来自两个亲本的基因组中的不平等表现，以此来识别导致两个池性状差异的含有QTL的基因组区域所在。本研究引入了一个SNP位点的测序深度相关的参数SNP-index，该参数是指某个位点含有SNP的reads数与测到该位点的总reads数的比值，大小范围为0-1。若该参数为0，代表所有测到的reads都来自被用作参考基因组的那个亲本的基因组；该参数为1，代表所有reads都来自另一个亲本；该参数为0.5，则代表此混池中SNP来自两个亲本的基因组的频率一致。将两个池观测到的SNP都计算出SNP-index，然后将两个池的SNP-index值相减后得到Δ(SNP-index)，将Δ(SNP-index)对应该SNP所在染色体位置作图，Δ(SNP-index)比较大的区域即可作为QTL的候选区域。针对Δ(SNP-index)再做零假设，得出相应的p值，用于检验该数值的可信度，一般p＜0.05才认为有统计学意义。本研究还用此方法针对一个F2代群体进行QTL定位研究，并依据水稻基因组的情况，对此方法的运用进行了数据模拟，确定影响此方法的限制因素在于混池所选用个体数目占群体总数的比例及重测序的测序深度，发现当选择群体中15%的个体进行混池，测序深度在20×时，此方法可应用于F2代群体进行QTL的准确定位，若应用于F7代的RILs群体，则定位效果更显著。?