第三章核酸数据库的应用.pptVIP

序列对比报告 对比资源 类似性图谱 对比图谱报告 数据库标识符 基因定义 类似性积分 E值为匹配期望值。说明可以找到与有哪些信誉好的足球投注网站序列相匹配的其它序列的几率。E值越接近零，越不可能找到其它的匹配序列，其背后的含义就是E值越少，匹配度越好 点击可得待检序列与库存序列对排 基因表达库链接 单基因库 基因信息库 人类染色体上的抗肿瘤基因序列对排表 相关文献链接 对排序列 不一致处 序列对排报告 第四节 新序列的提交 提交信息到NCBI、EBI和DDBJ的过程非常简单。介绍三种方式： 一、Internet的方式，如BankIt，为在线序列数据提交工具，基于互联网直接将数据库提交给GenBank的序列提交工具，提交的序列必须是提交者测定的DNA/RNA序列。输入的格式是FASTA；由E-mail给予回复；有基本的GenBank文本格式文件、GenBank存取号和完整的GenBank文本格式。 BankIt是一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息以及序列本身的信息等。用户提交序列后，会从电子邮件收到自动生成的数据条目。GenBank的新序列号及完成注释后的完整记录。用户还可在BankIt页面下修改已经发布序列的信息。 BankIt适于独立测序工作者提交少量序列，不适于提交很长的序列，EST序列和GSS序列也不用BankIt提交。 二、通过Sequin（authorin）提交。可将序列提交给GenBank、EMBL和DDBJ及在线更新。能处理简单和复杂提交。 Sequin的使用说明可祥见网页。 三、通过Webin提交，该程序被推荐作为EMBL序列提交的互联网界面。 网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/index.html 数据提交前可以修改和审查；有成批提交25项或更多相关序列的程序，也有EBI载体剔除软件。 GenBank Submit to GenBank 1 2、SRS：有快速检索和高级检索两种途径。快速检索可同时选择多个数据库进行检索，并且它只对来自“ID”、“Molecule”、“Discription”、“AccNumber”、“Keywords”、“Source”“Organism”、“Authors”、“Title”及“Comment”等10个默认字段的信息进行检索。 3、Afgate＆TAIS：比较简单的关键词检索途径，在检索框内输入检索策略，点击start search按钮即可完成。 第二节 常用的RNA数据库及软件 一、Transterm---mRNA序列和翻译调控元件数据库 1、Transterm数据库简介 Transterm数据库由新西兰Otago大学生物化学系构建并维护，是一个mRNA序列和翻译调控元件数据库。 Transterm设计的目的是研究mRNA的构成以及翻译过程中的调控信号。 Transterm中收录的mRNA序列包括多种功能成分，既可以对一种物种进行分析，也可以借此进行信息查询。 每一个从GenBank内提取的mRNA被分成以下部分：功能成分，起始编码区，终止编码区，即5’-UTR、3’-UTR和翻译信号的侧翼序列。 网址：http://www.uther.otago.ac.nz/Transterm.html 2、 Transterm数据检索 Transterm提供每一物种密码子使用表格，还提供描述mRNA中已知的基序或特征的模式的总结。通过Transterm来源于GenBank的编码区可被分割为5’侧翼、起始区、全编码区、终止区、3’侧翼。在Transterm的WWW界面使用与数据库文件和有关数据库相关联的图表，可以有哪些信誉好的足球投注网站所有或部分数据库内容，找寻任一条符合条件的模式或用户自定义的模式。 二、RDP-11-------核糖体数据库 由Maidak等人创建，提供一切与核糖体有关的数据、程序及相关服务计算机程序，包括rRNA在线数据分析、进化分类系统树、rRNA相似序列的排列、序列注释、rRNA二级结构图以及各种相似序列比较分析和显示软件。 网址：http://www. 1、简介 2、 RDP-Ⅱ数据库提供的分析工具 (1)Probe Match：分析特异探针在数据库中出现的频率 (2)Sequence Match：通过nearest neighbors算法确定与 用户序列最相近的RDP-Ⅱ序列。 (3)Sequence Align：对使用者的数据进行排列，找到与 使用者序列最相近的RDP-Ⅱ序列。 (4)Similarity Matrix：计算RDP-Ⅱ和/或使用者序列的