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分子检测常用靶点 肺炎克雷伯菌16S序列比对 肺炎克雷伯菌16S进化树 肺炎克雷伯菌ITS序列比对 肺炎克雷伯菌ITS进化树 文献中肺炎克雷伯菌ITS引物 肺炎克雷伯菌phoE序列比对 肺炎克雷伯phoE进化树 文献中肺炎克雷伯菌phoE引物 肺炎克雷伯菌耐药基因比对 肺炎克雷伯菌耐药基因 比对文件注意事项 ①耐药基因多聚集成“簇”，有的单个比对文件中包含多个基因，在设计引物时，找准目标基因序列是关键。 ②如果比对文件中包含多种目的基因，如β-内酰胺酶“IMP”基因，有“IMP-1，IMP-2等等”，在FASTA文件中改成了相应的名字，以示区别，如果比对文件中只包含一种目的基因，FASTA文件中仍保留其原始名称和名称格式，未作修改。 ③虽然在FASTA文件中，绝大部分成簇基因名称都改成“X（靶基因名） and other genes”,以表示该条序列是靶基因和其他非靶标基因成的“簇”。但成簇基因名称在NTI序列比对软件中显示不完整，只显示把基因名，未显示“and other genes”字样，在查看比对结果时，可打开FASTA原始文件一一对应查看，不过也可以根据基因序列长度来判断，一般的说，碱基数3000bp的序列是成簇基因序列，请注意鉴别。 ④有些铜绿耐药基因序列在NCBI和欧洲数据库中找不到，就用了其他种的对应耐药基因替代，FASTA文件中基因名包含了种名，但在NTI序列比对软件中未显示，只显示了基因名。 ⑤有些耐药基因未找到文献引物，或是有限的文献中的引物不便于复制操作而未归纳总结，还需另行设计。 ⑥一些基因在文献中未提及但在NCBI上有记载，也选下来进行比对。 TEM序列比对 β-内酰胺类耐药基因比对 文献中的TEM引物（通用引物） KPC序列比对 文献中KPC引物（通用引物） GES序列比对 文献中GES引物（通用引物） VEB序列比对 VIM序列比对 文献中VIM引物(通用引物) NDM（新德里金属蛋白酶）序列比对 AmpC(CMY)序列比对 文献中CMY引物 DHA序列比对 文献中DHA引物 AmpC(FOX)序列比对 OKP序列比对 文献中OKP-A和OKP-B引物 OXA序列比对 文献中OXA引物 AmpC(LEN)序列比对 IMP序列比对 文献中IMP引物 SHV序列比对 文献中SHV引物 CTX-M序列比对 文献中的CTX-M引物 氨基糖苷类耐药基因 氨基糖苷修饰酶基因比对 16S甲基化酶基因比对 文献中氨基糖苷耐药基因引物 喹诺酮耐药基因比对 质粒介导喹诺酮耐药基因比对 文献中qnr引物 参考文献 [1]周庭银.临床微生物诊断与图谱[M].上海：上海科学技术出版社， 2007.155-158,210-212. [2] Prathiba Kurupati,Carol Chow, Gamini Kumarasinghe,et al. Rapid Detection of Klebsiella pneumoniae from Blood Culture Bottles by Real-Time PCR[J]. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Mar. 2004, p. 1337–1340. [3] Gladys Penn Siri, Nomathamsanqa Patricia Sithebe and Collins Njie Ateba. Identification of Klebsiella species isolated from Modimola dam (Mafikeng) North West Province – South Africa[J]. African Journal of Microbiology Research Vol. 5(23), pp. 3958-3963, 23 October, 2011 [4] A. Neuberger,I. Oren,and H. Sprecher. Clinical Impact of a PCR Assay for Rapid Identification of Klebsiella pneumoniae in Blood Cultures[J]. JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, Jan. 2008, p. 377–379. [5] Jane F. Turton, Claire Perry, Suzanne Elgohari,et al. PCR characterization and typing of Klebsiella pneumoniae using capsular type-specific, variable number tandem rep