[南京农业大学][生物信息课件]7序列分析2解析.pptVIP

第2节 Blast的应用 Blast简介 BLAST 是基于序列相似性的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工具” (Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。 主要的blast程序 /Blast.cgi BLAST的应用 具体步骤 1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 Blastp Blastp Blastp Blastp Blastp Blastp Blastp的作用： ①对于已知的蛋白，可以分析其相似蛋白； ②对于未知的蛋白片段，可以分析其属于什么蛋白。 Blastx Blastx Blastx Blastx Blastx: 分析你的基因编码什么产物? 分析你的基因是否是新基因？ Blastx tBlastn * * 生物信息学 Bioinformatics 基本生物信息学工具的开发与应用 第九章 电子克隆的原理和应用 第八章 其他常用生物信息学工具 第七章 基因表达数据分析 第六章 系统发生分析 第五章 DNA和蛋白质序列分析 第四章 生物信息学数据库资源 第三章 生物信息学的生物学基础 第二章 生物信息学引论 第一章 名称 编号 第四章 DNA与蛋白质序列分析 复习- 第1节 序列比对 判断题： A序列和B序列的相似性是80％. A序列和B序列的一致性为39.4%. A序列和B序列的同源性是80％. 相似性的数值一定比一致性的要大. 两序列间的相似性越高，它们的同源性就越高. 复习 计算题： s: CAAGCAC?AGACA CAA ? GCAC?AGACA t: CAA?CACTAGGCA C? AA ? CACTAGGCA （A) (B) 1. 这两个序列的cost和score值分别为多少？ 2. 在序列比对运算时最终结果是上面哪种运算方式？ Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value: 氨基酸残基（或碱基）随机排列得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示越匹配。 E=0表示完全配对，不存在随机配对。 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。 核酸 蛋白质 Tblastn 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 蛋白质 核酸 Blastx 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序列 蛋白质 蛋白质 Blastp 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 核酸 核酸 Blastn 有哪些信誉好的足球投注网站方法 数据库 查询序列 程序名 BLAST检索中采用的数据库类别： 蛋白数据库： nr: 无冗余数据库，汇集了GenBank中所有的蛋白序列+PDB+Swissprot+PIR等汇集； BLAST检索中采用的数据库类别： 核酸数据库： nr/nt: 无冗余数据库，汇集了GenBank+DDBJ+EMBL中所有的核甘酸序列（不包括EST) 提高期望阈值（Expect threshold）; 降低延伸种子序列的长度(word size) 主要用途：有哪些信誉好的足球投注网站短的基序，如验证PCR引物的特异性 Blastn---1 Blastn---1 Blastn---1 Blastn---1 Blastn1的作用： ①对于已知的基因，可以分析其相似基因； ②对于未知的基因片段，可以分析其属于什么基因。 Blastn---1 Blastn---1 Blastn---2 What is EST? Blastn---2 Blastn---2 有什么作用? 对于新基因,可以了解基因的结构特征, 5-UTR和3-UTR 的大小. Blastp * * * * *