基因组图谱概述.pptVIP

绘制遗传和物理图谱的原因 基因组太大，必需分散测序，然后将分散的顺序按原来位置组装，需要图谱进行指导； 基因组存在大量重复顺序，会干扰排序，因此要高密度基因组图； 遗传图和物理图各有优缺点，必须相互整合校正。 遗传作图 遗传作图（Genetic mapping）：采用遗传学分析方法将基因或其它DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。 连锁与交换 连锁遗传的现象 连锁遗传的解释 完全连锁与不完全连锁 交换与不完全连锁的形成 三点测验 仍以玉米C/c、Sh/sh、Wx/wx三对基因连锁分析为例，在描述时用“+”代表各基因对应的显性基因。 1.用三对性状差异的两个纯系作亲本进行杂交、测交： P: 凹陷、非糯性、有色 × 饱满、糯性、无色 shsh ++ ++ ++ wxwx cc ↓ F1及测交: 饱满、非糯性、有色×凹陷、糯性、无色 +sh +wx +c shsh wxwx cc 三点测验 2.考察测交后代的表现型、进行分类统计 3. 确定两种亲本类型和两种双交换类型——双交换的比例最小； 4. 根据双交换的基因型确定三对基因在染色体上的排列顺序。 三点测验 5 . 计算基因间的交换值。 由于双交换实际上是在两个区域同时发生了单交换，所以在估算每个区域交换值时，都应加上双交换值，才能够正确地反映实际发生的交换频率。 三点测验 6. 绘制连锁遗传图。 Sh位于wx与c之间； wx-sh: 18.4 sh-c: 3.5 wx-c:21.9。 植物遗传图谱的构建 选择研究材料（亲本） 构建分离群体 遗传标记检测 标记间的连锁分析 选择亲本 要求亲缘关系远，遗传差异大 但又不能相差太大以导致引起子代不育 对备选材料进行多态(差异)性检测，综合测定结果，选择有一定量多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲本 作图群体的类型 三点测验法的具体步骤 Ｆt表型判断三基因是否连锁 确定三基因连锁后，推断三基因的顺序 计算交换值 绘制基因位置图 Ｆt表型判断三基因是否连锁 若三基因为完全连锁关系，则Ｆt只能表现二种表型。 若三基因是独立遗传的，则Ｆt应该表现出八种表型， 且数目相等； 若三基因中有两基因连锁，一基因独立遗传，则Ｆt应该表现出八种表型，两组比例，每四种表型的比例一样； 现在Ｆt八种表型分四组且各组之间的比例不同，说明三基因只能是同在一条染色体上，且三基因为不完全连锁关系。 三对基因不完全连锁 确定基因顺序 按照“一变或一不变”的法则确定之。 首先从Ft中选出亲本基因型，如：上例 + wx c 亲 型 + + + 双交换型 （一不变） + wx c 亲型 sh wx c 双交换型 （一变） 该基因sh 就位于中间 ,其基因顺序为： wx-sh-c 交换值的计算 sh-wx sh-c + wx c 2708 ｝亲 型 sh + + 2538 + + c 626 ｝单交换 18.29% sh wx + 601 sh + c 113