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第二章 分子的构建 第二章 分子的构建 原子和分子在 原子和分子在 能量 能量 体系中的位置 体系中的位置 • 长度单位一般默认为Å • 长度单位一般默认为Å 个别软件使用nm 描述 个别软件使用nm 描述 • 角度单位一般为度( ˚) • 角度单位一般为度( ˚) 笛卡儿坐标 笛卡儿坐标 内坐标 内坐标 Nankai University §2.1 分子结构数据的获得 §2.1 分子结构数据的获得 简单分子 简单分子 • 通过标准键长、键角、二面角等数据直接写出 • 通过标准键长、键角、二面角等数据直接写出 • 通过分子图形软件构建 • 通过分子图形软件构建 复杂分子 复杂分子 • 有单晶结构数据的，直接转化为分子结构数据 • 有单晶结构数据的，直接转化为分子结构数据 • 采用软件构建，必须通过适当的构象有哪些信誉好的足球投注网站方法方可得到 • 采用软件构建，必须通过适当的构象有哪些信誉好的足球投注网站方法方可得到 合理的结构； 合理的结构； 大分子(如蛋白质分子) 大分子(如蛋白质分子) • 其结构的构建本身就是专门的计算化学研究的课题，只 • 其结构的构建本身就是专门的计算化学研究的课题，只 有通过特定的方法(如同源模建等)方可得到可能的合理 有通过特定的方法(如同源模建等)方可得到可能的合理 结构。 结构。 Nankai University 常见结构数据类型 常见结构数据类型 ENT，PDB Brookhaven Protein Data Bank ENT，PDB Brookhaven Protein Data Bank MOL MOL (Molecular Design, Ltd. [MDL]) MOL MOL (Molecular Design, Ltd. [MDL]) HIN Hyperchem HIN Hyperchem GJF Gaussian GJF Gaussian INP Gamess INP Gamess ZMT MOPAC Z-Matrix ZMT MOPAC Z-Matrix CAR Accelrys, Insight II CAR Accelrys, Insight II CSD Cambridge Structural Database Crystallographic files) CSD Cambridge Structural Database Crystallographic files) MOL2 Tripos MOL2