我国猪群中细环病毒ORF1基因的克隆与序列分析.docVIP

我国猪群中细环病毒ORF1基因的克隆与序列分析 摘 要 猪细环病毒(Torque teno sus virus，TTSuVs)是一种单股环状DNA病毒，属于细环病毒科（Anelloviridae）壬型细环病毒属（Iotatorquevirus）。本研究为了解TTSuVs的遗传变异与进化趋势，分析TTSuV1和TTSuV2的同源性差异，运用滚环扩增技术（RCA）扩增出TTSuV1和TTSuV2各2株，并进行了全基因测序。将获得的ORF1序列与GenBank中部分发表的序列进行序列比对与进化分析。结果表明：TSuV1和TTSuV2的基因序列表现出了多态性，且中国毒株与其他国家(西班牙，美国，古巴)毒株相比较均表现出了高度异质性，且地区差异非常大。 关键词：猪细环病毒；RCA；ORF1；序列比较分析 Cloning and Sequence Analysis of TTSuVs Abstract Torque teno sus virus(TTSuVs) are circular,single-stranded DNA viruses classified in the Anelloviridae Iotatorquevirus family.This study aim to learn the Genetic variation and evolutionary trends about TTSuVs, by using rolling circle (RCA),we can amplified TTSuV1 and TTSuV2 every two, and carry out the whole gene sequencing. Then we received partial ORF1 sequences and compared with published sequences in GenBank for sequence alignment and phylogenetic analysis.As a result,all of TTSuV1 and TTSuV2s sequences showed polymorphism, and strain in China and other countries (Spain, the United States, Cuba) compared to both strains showed a highly heterogeneous and very large regional differences. Key words: torque teno sus virus; TTSuV1; RCA; Sequence Comparison and sequence analysis 前言 细环病毒(TTSuVs)是一种单股环状DNA病毒，属于细环病毒科（Anelloviridae）壬型细环病毒属（Iotatorquevirus）。1997年由日本学者从输血后非甲至戊型肝炎病人血浆中分离鉴定出。经过研究发现该病毒与圆环病毒科指环病毒属的鸡传染性贫血病病毒(CAV)有亲缘关系，基因组长度主要取决于宿主的种类，分别从2.0kb到3.9kb不等。近来，研究发现表明，TTV在世界各地健康人群的感染率为80%～100%。在急性肝炎、胰腺癌和系统性红斑狼疮等疾病患者中均发现了TTV，由此推测TTV可能与这些疾病相关联。细环病毒宿主范围很广，该病具有种属特异性，在不同的物种中具有不同的基因长度和核酸多样性。除感染人外,还感染与人亲缘关系较近的灵长类动物及牛、猪、狗、猫和家禽等，广泛存在于包括人类和家畜在内的多种哺乳动物中。 由于可用的猪基因组序列数量很少及其有限的时段，地理位置、因此对这种病毒多样性和发展史没有得到充分研究。所以目前我国猪群中TTV的流行病学报道较少。但是自从1999年Leary T等和2002年Okamoto H等检测到日本和美国猪群中有TTSuV的存在后，各国开始进行猪群中PCR的研究工作，相继在中国（仅仅来自北京附近猪场的20份血清）、泰国、韩国、加拿大、美国和西班牙六国猪场也发现存在TTV。为了确定我国猪群中是否存在细环病毒的感染，2009年我国运用套式PCR法相继进行了我国猪群中TTV的鉴定及其分子流行病学分析，中国猪群中存在TTV感染等实验，分别证实了我国猪群中确实存在着这种病毒以及TSuV1和TTSuV2流行毒株存在新的基因亚型。在猪体内已经发现了两个基因型（TTSuV1和TTSuV2）由五个亚型组成。TTSuVs的致病性目前没有定论，而且测定方法非常少量，目前最有效的是运用PCR方法进行检测。TTSuVs在猪群中的传播方式研究