大熊猫bHLH 基因家族的识别与分析.docVIP

 大熊猫 bHLH 基因家族的识别与分析# 徐俊丽，李玉芝，张修月，岳碧松，李校** （四川大学生命科学学院，成都 610065） 5 10 15 20 25 30 35 40 摘要：碱性/螺旋-环-螺旋( basic /Helix-Loop-Helix，bHLH) 蛋白质家族是数量最多、最复杂 的转录因子家族之一，几乎存在于所有真核生物体内，其功能包括参与神经发育、肌肉形成、 造血等重要生物学过程的基因表达调控。目前对一些动物的 bHLH 蛋白的研究已较为广泛 和深入，但作为保护动物的旗舰物种大熊猫的 bHLH 蛋白的研究却很有限，大熊猫全基因 组最近已经公布，这方便了大熊猫 bHLH 的深入研究。本研究发现大熊猫基因组中共有 118 个 bHLH 基因，根据结构域差异和系统发育分析结果，大熊猫的 bHLH 基因归属于 42 个 亚家族，其中属于 A、B、C、D、E、F 6 个组的数目分别为: 56、26、17、5、6、0，此外 还有 8 个大熊猫的 bHLH 成员暂时无法将其分为任何一组，列为“orphans”组。有些种类， 如 COE 和 MITF 亚家族在大熊猫进化过程中可能出现了丢失。 关键词：大熊猫; bHLH; 基因家族; 进化分析 中图分类号：Q959.8; Q81 Identification and Analysis of the Giant Panda Basic/Helix-Loop-Helix Factors Xu Junli, Li Yuzhi, Zhang Xiuyue, Yue Bisong, Li Xiao (College of Life Sciences, Sichuan University, Chengdu, People’s Republic of China) Abstract: The basic /helix-loop-helix ( bHLH) protein constitute one of the largest and most complex transcription factor super families，which exists in almost all eukaryotic organism． It acts on gene expression of biological processes，including participation in neural development， muscle formation， haemopoiesis， etc． Despite of the abundant structural and functional information in many other animals，only limited studies have been conducted in giant panda，the flagship species for conservation． The recent completed genomic sequencing of giant panda facilitates a comprehensive in-depth survey of bHLH proteins in this species． In this study，we conducted a genomic-wide survey using the giant panda genomic database and indentified 118 bHLH sequences belonging 42 gene families． Phylogenetic analyses revealed that panda has 56， 24，17，5，6，and 0 bHLH members in groups A，B，C，D，E，and F，respectively，while 8 members belonging to none of these groups were classified as“orphans”． Some bHLH，such as COE and MITF，may get lost in the evolution of giant panda． Key words: giant panda; bHLH; gene family; evolution 0 引言 碱性/螺旋-环-螺旋(basic/helix-loop-helix , bHLH )转录因子家族是一类含有众多成员的 重要超家族，到目前为止，该转录因子超家族被发现广泛存在于从酵母到人类的许多真核生 物 中 ， 并 在 细 胞