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２０２５ꎬＶｏｌ４５ꎬＮｏ１１农业与技术※畜牧科学

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基于简化基因组的海南坡鹿亲缘关系分析

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李慧明陈兴永段春宇邱深本

(１广东科贸职业学院ꎬ广东广州５１０４３０ꎻ２广州动物园ꎬ广东广州５１００７０ꎻ

３陕西能源职业技术学院ꎬ陕西咸阳７１２０００)

摘要:基于我国特有一级重点保护动物海南坡鹿(Ｃｅｒｖｕｓｅｌｄｉｈａｉｎａｎｕｓ)简化基因组测序结果ꎬ筛选微卫星

(ＳＳＲ)分子标记用于坡鹿种群亲缘鉴定分析ꎮ通过对海南坡鹿总ＤＮＡ进行提取ꎬ使用Ｉｌｌｕｍｉｎａ平台对基因组进

行测序ꎬ利用ＣＥＲＶＵＳ和ＰＯＰＧＥＮＥ软件分别对海南坡鹿ＳＳＲ位点特征信息及亲缘关系鉴定进行分析ꎮ海南坡鹿

简化基因组共检测到２０５０５个ＳＳＲ位点ꎬ其中１９个ＳＳＲ位点的遗传多样性较高ꎬ等位基因数量在２~８个ꎬ平均

多态性信息含量(ＰＩＣ)为０４２ꎬ平均期望杂合度(ＨＥ)和观测杂合度(ＨＯ)分别为０６３和０４８ꎮ基于１９个

ＳＳＲ位点的累积非父排除率分析表明ꎬ仅使用４个ＳＳＲ位点组合对坡鹿亲缘关系鉴定的排除概率在９９９％以上ꎮ

本研究建立了一套有效的鹿科动物亲子鉴定的分子标记方法ꎬ筛选的ＳＳＲ分子标记物可有效地用于海南坡鹿的

亲缘分析及家系管理ꎬ对合理指导海南坡鹿人工繁育工作ꎬ以及在濒危和珍贵鹿科动物的选种育种研究中具有重

要的应用价值ꎮ

关键词:海南坡鹿ꎻ基因组ꎻ亲子鉴定ꎻ微卫星ꎻ分子标记开发

中图分类号:Ｓ８１文献标志码:ＡＤＯＩ:１０１９７５４/ｊｎｙｙｊｓ２０２５０６１５０２６

我国是世界上鹿科动物种类最多的国家ꎬ鹿科动遗传、遗传稳定性良好等优点ꎬ获得结果可靠、方法

物的种类多样性是我国重要的生物资源ꎬ现共有９属简单ꎬ因此被广泛应用于构建基因图谱及个体间亲子

－

１６种ꎬ其中ꎬ海南坡鹿(Ｃｅｒｖｕｓｅｌｄｉｈａｉｎａｎｕｓ)是我[２４]

关系鉴定等研究领域ꎮ龚道清等研究表明ꎬ组合

国特有种ꎬ自然种群仅分布在海南岛ꎮ自２０世纪７０使用９个ＳＳＲ位点标记明确了１１个鸭群的亲缘关

[５]

年代ꎬ由于严重非法滥杀及栖息地大规模破坏ꎬ使得系ꎮ蔡垚利用９个微卫星标记分析了２头白鱀豚、

[１][６]

海南坡鹿的野生种群急剧下降ꎬ现海南坡鹿已被列２１头江豚的亲缘关系ꎮＡｌｄｅｒｓｏｎ等用微卫星标记对

[７]

入«濒危野生动植物种国际贸易公约»ꎬ被世界自然４３只褐头牛鹂进行了亲子鉴定ꎮ然而ꎬ尚未将ＳＳＲ

保护联盟(ＩＵＣＮ)列为濒危物种ꎬ属于我国一级重分子标记应用到海南坡鹿亲子鉴定和家系管理的研究

点保护动物ꎮ为扩大现生种群规模、增加遗传多样中ꎮ

性ꎬ人工繁育和就地保护已经成为保护濒危物种的重