云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和ORF3基因的遗传进化分析.pdfVIP

云南农业大学学报（自然科学），2024，39(6)：59−65

Journal

of

Yunnan

Agricultural

University

(Natural

Science)E-mail:

ynauzkxb@

引文格式：冉李燕,

赵筱,

张梅,

等.

云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和ORF3基因的遗传进化分析[J].

云南农业大学学

报(自然科学),

2024,

39(6):

59−65.

DOI:

10.12101/j.issn.1004-390X(n).202401011

云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和

ORF3基因的遗传进化分析*

1,21133131

**

冉李燕，

赵筱，

张梅，

张文，

朱培英，

罗林宝，

李文贵，

彭洁

(1.

云南农业职业技术学院

畜牧兽医学院，云南

昆明

650212；

2.

鹤庆县动物疫病预防控制中心，云南

鹤庆

671500；

3.

云南农业大学

动物医学院，云南

昆明

650201)

摘要:【目的】了解2022—2023年云南部分地区猪流行性腹泻病毒(porcine

epidemic

diarrhea

virus，PEDV)毒

株变异及遗传进化情况。【方法】从云南多个地区的9家猪场采集125份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪

便和肛拭子，提取病毒核酸后，采用RT-PCR方法进行病原检测，扩增PEDV阳性样品M和ORF3基因并测

序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列和

氨基酸序列的同源性。【结果】来自5家猪场的49份样品呈PEDV阳性，阳性率为39.2%

(49/125)；猪轮状

病毒(porcine

rotavirus，PoRV)阳性率为11.2%

(14/125)；PoRV与PEDV混合感染率为10.4%

(13/125)；未检

测出猪传染性胃肠炎病毒(porcine

infectious

gastroenteritis

virus，TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(porcine

delta

coronavirus，PDCoV)。与经典疫苗株CV777相比，10株PEDV毒株的M基因和ORF3基因均出现核苷酸和

氨基酸突变。M基因同源性分析结果显示：10株毒株均为GⅡ型，其中YNQJF4-6和YNQJF4-7与中国的

AJ1102、GD-A、LC株亲缘关系较近，其余8株与GD

S07亲缘关系较近；M基因株间核苷酸同源性为96.9%~

100.0%，存在多处碱基突变。ORF3基因同源性分析结果显示：株间核苷酸同源性为95.6%~100.0%，氨基酸

序列主要有5个氨基酸突变位点，无氨基酸插入或缺失现象。与DR13和JS2008的ORF3蛋白氨基酸序列进

行比对发现：10株毒株未出现氨基酸连续大片段缺失的现象，流行的PEDV多为强毒株，M基因和ORF3基

因均出现不同程度的突变，提示这些毒株在流行过程中不断出现变异。【结论】云南猪群出现GⅡ型为主的

强毒株，急需研制针对变异株的疫苗，降低其带来的经济损失。

关键词:猪流行性腹泻病毒(PEDV)；M基因；ORF3基因；遗传进化分析

中图分类号:S852.651

文献标志码:A

文章编号:1004–390X

(2024)

06−00