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2025,52(4)水产科技情报(FisheriesScienceTechnologyInformation)205

doi:10.16446/j.fsti.125

草鱼cdx2基因密码子偏好性与进化分析

罗君涵李艳芳高星唐翔罗雅楠曾鹏

卿艳玲王辰浩洋陈振峰刘晶宋梦玲何志敏

(长沙学院生物与化学工程学院水生动物营养与品质调控湖南省重点实验室,湖南长沙410003)

摘要:为探讨草鱼cdx2基因在进化过程中形成的密码子偏好性及与某些动物的血缘关系,为草鱼cdx2

基因的异源表达与分子调控研究提供参考,利用草鱼与其他8种动物(牛、原鸡、智人、小家鼠、塞内加尔多

鳍鱼、褐家鼠、野猪、热带蟾蜍)的17个cdx2基因,使用CodonW和EMBOSS软件对密码子的偏好性参数进

行统计和分析,然后使用SPSS和MEGA软件对密码子偏好性和基因的聚类进行了分析。结果显示,草鱼

cdx2基因密码子偏好性最强的是CUG,9种动物cdx2基因的高频密码子有7个,且均以C/G结尾,最优密

码子为CUG。9种动物cdx2基因的有效密码子数(ENC)范围为33.01~58.08个,密码子适应指数(CAI)

远小于1,密码子偏好性较弱。自然选择是形成大多数动物cdx2基因密码子使用偏好性的重要驱动力。

不同动物之间及同种动物之间,cdx2基因对同义密码子的偏好性均存在不同。动物cdx2基因的同义密码

子相对使用度(RSCU值)聚类结果与基于系统进化树的结果近似,但其准确度稍弱于系统进化树。

关键词:草鱼;尾型同源盒转录因子cdx2基因;密码子偏好性;进化分析

在生物体的氨基酸组成中,1个氨基酸可以时,通过对密码子偏好性的分析,有助于了解基因

对应多种密码子。编码同一类氨基酸的多个密码转录和翻译的分子机制,达到有效预测基因外源

[1][9]

子叫作同义密码子。在蛋白合成过程中,同义表达系统和最佳表达宿主的目的。

密码子的使用频率存在差异,且物种和基因对某

cdx2基因属于尾型同