大白、长白和杜洛克猪多品种多性状一步法基因组选择准确性分析.pdfVIP

遗传育种GeneticsandBreeding2023年第59卷第08期

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大白、长白和杜洛克猪多品种多性状一步法

基因组选择准确性分析

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张锡飞，张兴，闫之春，龚华忠，牛安然，杨雨婷，杜晓冬，荆晓燕，丁偌楠

（新希望六和股份有限公司，农业农村部猪禽数智化育种技术创新重点实验室，四川成都610023）

摘要：种猪企业在实际育种中会面临单个品种（例如杜洛克）数据量稀少的情况，利用其他品种数据量的

优势，将品种作为固定效应可以提升育种值估计准确率。此外，多性状一步法可以利用性状间的遗传联系提

升育种值计算的准确率，也被企业视作重要的育种方法。本研究以大白、长白和杜洛克猪为研究对象，分

析多性状一步法（ssGBLUP）与单性状一步法育种值预测的准确率，以及多品种联合计算与单品种独立计

算育种值预测的准确率。研究包括3个品种、5个生长性状和3个繁殖性状以及超过8000头的芯片数据，

利用BLUPF90+软件计算育种值以及标准误差（SE）。结果表明，对于生长性状和繁殖性状，多性状在

ssGBLUP、GBLUP和BLUP方法上的育种值准确率均优于单性状3%~15%；当参考群数量500头时，多品

种联合计算能获得比单品种独立计算更高的育种值准确率。表明在实际育种中，单品种数据量小于500头时，

可以采用多品种联合计算育种值，随着数据量增大到1000头时，应该切换回单品种独立计算；在算法和算

力满足的情况下，多性状在育种值准确性上优于单性状。

关键词：基因组选择；一步法；多品种；多性状

中图分类号S828.2文献标识码ADOI编号10.19556/j.0258-703305

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近年来随着基因芯片测序成本降低分子检测提高预测准确性[15-18]另外种猪的生长性状和繁殖性

，，。，

技术人工智能技术共享育种平台等快速发展为丰状受到品种等固定效应的影响肖丽等[19]研究表明品

、、，，

富基因组选择策略在猪育种中的广泛应用提供了多元化种固定效应模型对大白母猪繁殖能力的影响显著优于其

的应用实施方案[1-4]也开发了许多新的基因组选择技他纯种猪张盛南等[20]曹建新等[21]研究表明品种

，。、，

术和方法[5-10]。目前在GS的研究和应用中估计育种值对生长性状和繁殖性状的影响均达到显著水平[21]。目

的主要方法是一步法ssGBLUP该方法已成为当前企业的育种软件均未把品种作为固定效应对单品种和

（），

前动物育种中最常用的动物模型之一其次是直接法多品种联合计算进行育种值准确性的研究分析因此在

，，

GBLUP和传统BLUP法[11-13]。在猪育种过程中，实际应用中通常采用混合多品种单性状模型计算个体

（），

由于各种各样的原因导致大量具有系谱和表型记录的个估计育种值这可能也会影响育种值预测的准确性

，。

体没有获得基因型而ssGBLUP基因组选择的提出进目前