数据库msigdb简介-周元帅.pdfVIP

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#数据库#MSigDB数据库简介

瑶轩

集富集分析(GSEA)是一个可以判断自定义集与生物状态

显著相关的计算方法,在生物信息学中应用最为广泛。最常见的如

DAVID富集分析,今天小编给大家介绍一个比较实用的数据库

MSigDB(v4.0)。

它主要包含以下三个部分:

1.该数据库可以提供GSEA软件和其他的资源用于分析,注释,

和说明富集的结果

2.可以有哪些信誉好的足球投注网站MolecularSignaturesDatabase(MSigDB),一个用于GSEA

软件的多种注释集合数据库

3.可以查看描述GSEA和MSigDB的说明文档.

该数据库除了可以方便大家实现GSEA之外最方便之处可以提供多种

背景数据集的;

它将其分为了7个部分分别是位置集;curated集(包括通路

集,已的pubmed集);motif集;计算集合(表

达谱中计算出的集);GO集;癌集;免疫共七个部

分。

软件代码部分有多种语言的实现:

除了可以将富集结果输出之外,还可以实现集与背景集的比

较:

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