有哪些信誉好的足球投注网站- 1、本文档共2页，可阅读全部内容。
- 2、有哪些信誉好的足球投注网站（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 6、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
#源代码#Pythonsequencewithquality序列质量
Peaker
从高通量数据中的sequence序列数据，我们通常将其称
作read，为了描述在过程中每个base对应的read质量，通常
会有一个basecallqualityscore质量打分。这个打分代表了软件或设备
对于这个basecall的置信度，read越高，说明越可信，结果也越准确。
在python语言中提供了一个类——SequenceWtihQualities，就是实现
这一目的的。
SequenceWtihQualities是Sequence这个类的daughter子类。
SequenceWtihQualities可以被实例化为sequence，但是现在提供了第
三个参数，就是qualitystring质量字符
Qualitystring被解释为Sanger编码的Phredvalues字符，也被定义
为fastq格式文件中的特异指标，在qualitystring中的每一个字母都代
表了一个sequence上的base，采用的是ASCII编码。Phredscore可以
在slotqual中被发现
如果qualitystring遵循的是Solexafastq原则，那么这个被减去的
value就从33变成了64.如果想要在格式中过滤掉qualitystring，可以
设置qualscale=’solexa’
之前1.3版本的SolexaPipeline软件使用了另一个编码qualitystring
的风格，如果想要使用这个原则，可以设置qualscale=’solexa-old’
Qualitystring是根据SangerPhred编码，如果quality初始给出的
是solexa或者solexa-old格式，那么可以转化为上图所示的结果。
WritingtoFASTQfile
为了将SequenceWithQualities对象写入一个FASTQ文件，打开读
取或写入，那么只需要调用write_to_fastq_file，对于每一个sequence
序列进行执行，代码如下。
注意，在默认条件下，所有的read都要被写成Sanger编码的quality
string。在FASTQ文件的时候则更简单一些，只需要用到
FastqReader()函数即可。
Countingqualityvalue
和Sequence.add_bases_to_count_array()函数类似，这个方法用于
计算每个position对应的出现的qualityvalue，然后可以计算平均quality
以及直方图。
本文吗？欢迎加入云生信跟大家一起进步~
文档评论（0）