生物数据库介绍.ppt

SWISS-PROT：是经过注释的蛋白质序列数据库，也是注释最齐全的蛋白序列数据库，建立于1986年，1987年起由日内瓦大学(UniversityofGeneva)医学生物化学系和EMBL数据馆(现在的欧洲生物信息研究所EBI)共同维护数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成第30页，共46页，星期日，2025年，2月5日第31页，共46页，星期日，2025年，2月5日PIR（ProteinInformationresouce）：是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，目的是支持基因组/蛋白质组研究其出现先于核酸数据库，1960年左右，Dayhoff和其同事们搜集了当时所有已知的氨基酸序列，编著了《蛋白质序列与结构图册》。从这本图册中的数据，演化为后来的蛋白质信息资源数据库PIR与其他组织合作，共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库（PSD）——一个主要的已预测的蛋白质数据库，包括250，000个蛋白第32页，共46页，星期日，2025年，2月5日除了蛋白质序列数据以外，PIR还包含以下信息：蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源；关于原始数据的参考文献；蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等；序列中相关的位点、功能区域第33页，共46页，星期日，2025年，2月5日第1页，共46页，星期日，2025年，2月5日生物分子数据高速增长分子生物学及相关领域研究人员迅速获得必威体育精装版实验数据建立生物分子数据库第2页，共46页，星期日，2025年，2月5日生物信息数据库特征数据库的更新速度不断加快，数据量呈指数增长趋势数据库使用频率增长更快数据库的复杂程度不断增加数据库网络化面向应用先进的软硬件配置第3页，共46页，星期日，2025年，2月5日分子生物信息数据库分类序列数据库核酸序列数据库蛋白质序列数据库基因组数据库结构数据库：主要指蛋白质三维空间结构数据库功能数据库：主要指蛋白质和核酸功能注释的数据库由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库第4页，共46页，星期日，2025年，2月5日序列数据库来自序列测定，基因组数据库来自基因组作图，结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据资源，称为基本数据库、初始数据库，也称一次数据库一次数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释第5页，共46页，星期日，2025年，2月5日根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建出具有特殊生物学意义和专门用途数据库称为二次数据库二次数据库是对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的第6页，共46页，星期日，2025年，2月5日一次数据库的数据量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机服务器、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑；二次数据库的容量则小得多，更新速度也不像一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支持，这类针对不同问题开发的二次数据库的最大特点是使用方便，特别适用于计算机使用经验不太丰富的生物学家第7页，共46页，星期日，2025年，2月5日第8页，共46页，星期日，2025年，2月5日序列数据库核酸序列数据库国际上权威的核酸序列数据库欧洲分子生物学实验室的EMBLhttp://www.embl-heidelberg.de/美国生物技术信息中心的GenBank/Web/Genbank/index.html日本遗传研究所的DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/第9页，共46页，星期日，2025年，2月5日目前，这三个数据库已建立数据交换协议，每日同时更新核酸序列资料，对用户而言，在任意一个数据库中查询数据或向任意一个数据库中投送数据基本上是等价的，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样三个数据库相互合作，数据库中数据基本一致第10页，共46页，星期日，2