生物信息学第二讲癌症相关数据库.pptx

癌症相关数据库;http://2016./Team:NJU-China/Background;癌症在中国的情况;癌症相关数据库;癌症基因组变异数据库

COSMIC：人类癌症体细胞突变数据库，最大、最全面，https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic，包含4个子数据库，分别为:

COSMIC，COSMIC核心,专业审核过的体细胞突变

CellLinesProject，超过1000个癌症细胞系的突变谱

COSMIC-3D，三维结构下动态展示癌症的突变

CancerGeneCensus，癌症突变基因

HGMD：实验验证的人类基因突变数据库http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

ClinVar：apublicarchiveofreportsoftherelationshipsamonghumanvariationsandphenotypes（包含癌症）

/clinvar/

OMIM：人类基因和遗传紊乱的数据库（包含癌症）/

DriverDBv2：主要来自外显子测序的人类肿瘤driver基因/突变数据库:.tw/driverdb

IntOGen：肿瘤driver/突变基因数据库，

TCGA：癌症基因组突变数据库，/

CaSNP：SNP芯片来源的基因拷贝数据库./CaSNP/;癌症基因相关数据库

CCGD:基于鼠遗传筛选来源的癌症基因数据库，http://ccgd-/about.php

TumorAssociatedGene:利用Pubmed数据库的文本挖掘方法鉴定的肿瘤相关基因，.tw/TAG/GeneDoc.php

TissGDB:癌症中组织特异基因数据库，/TissGDB/index.html

HCMDB:癌症转移相关基因数据库，/index;癌症基因表达数据库

CancerRNA-seqNexus：来自GEO数据库和TCGA数据库中癌症相关RNA-seq处理的差异表达基因，.tw/

ExpressionAtlas：不同条件下（包括癌症）基因表达情况数据库，https://www.ebi.ac.uk/gxa/home

Oncomine:大型肿瘤基因芯片数据库，提供基因在癌症的表达信息、差异分析和工标的分析，

GEPIA：基因在癌症的表达信息、生存分析（TCGA来源的数据）,/;非编码RNA相关

miRCancer：癌症相关miRNAs数据库，/

OncomiRDB:癌症相关miRNAs数据库，/member/jgu/oncomirdb/

lnc2Cancer：癌症相关lncRNAs数据库，/lnc2cancer/

Lnc2Catlas：癌症相关lncRNAs数据库，/

LncRNA-Cancergeneco-expressionnetwork:癌症基因与lncRNAs共表达关系数据库，/;癌症调节关系数据库

NCG5.0:癌症基因相互作用，如蛋白蛋白相互作用，miRNA调节关系，也提供表达等相关信息，http://ncg.kcl.ac.uk/index.php

Cistromecancer:癌症中转录因子调节关系数据库，/CistromeCancer/

starBase:包含非编码RNAs调节关系（miRNA-target，ceRNA等）在癌症的表达相关性分析，

/index.php

癌症表观遗传修饰数据库

MethHC：来自TCGA的癌症DNA甲基化谱，.tw/php/index.php

MethyCancer：癌症DNA甲基化基因数据库，/

PubMeth:癌症DNA甲基化基因数据库，http://matrix.ugent.be/pubmeth/;癌症数据平台

cBioPortal:展示、分析和下载大规模癌症基因组数据的平台，

/

临床资料相关数据库

SEER:提供的临床数据，数据记录中包括患者的注册编号、个人信息、原发病灶部位、肿瘤尺寸、肿瘤编码、治疗方案、死亡原因等信息，/data/

单个肿瘤基因数据库

Cervicalcancer:/raghava/ccdb/

Breastcancer:/ermb/bcgd/bcgd.html

Colorectalcancer:

Gastriccancer:/dbgc/index.do;TheCancerGenomeAtlas(TCGA);目前TCGA项目涉及33种癌症，11328个病人，样本包含癌症组织、癌旁组织，血液等，总数据大小为2.5petabytes。;数据类型;;数据水平;利用TCGA数据发表的文献;GCCs:TheGenomeCharacte