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PAGE PAGE 2 实用生物信息技术课程期末总结 北京大学2020级研究生 2020/9/26-2021/1/23 姓名_________学号____________分组编号________邮箱______________________ 按分组编号_S为文件名（如G01A_S.doc），于2021/1/20前发送到此邮箱 邮件主题为分组编号_S（如G01A_S） 简述你导师（或当期轮转导师）研究方向和正在进行的研究课题。检索PubMed等文献数据库，找出你导师所有学术论文，按文献引用格式列出最近5年发表的论文。简述你课题概况（尚未确定课题的同学，可从实验室正在进行的课题中挑选某个你感兴趣的课题），检索PubMed等文献数据库，找出课题相关论文，按文献引用格式列出最相关的5-10篇论文。 列出课题涉及主要物种中文名、英文名、拉丁文学名。查看中国植物志（/frps）、动物标本资源库（/）、微生物资源数据库（/）等分类学数据库，简述该物种的生物学特点和研究背景。检索Ensembl基因组数据库（htts:///）、基因组在线数据库（/）、植物基因组数据库（/）和微生物基因组（/）等网站，简述课题相关物种（或其近缘物种）基因组测序结果基本统计数据。 检索UniProt数据库，列出课题相关物种在Swiss-Prot和TrEMBL两个子库中的序列条目数。通过NCBI分类学数据库链接，列表说明NCBI收集的该物种数据资源；通过该网站外部信息资源链接（External Information Resource），并通过基因组所数据库门户网站Database Ccommons检索该物种相关数据库，简述该物种信息资源。 简述课题相关主要蛋白质中文名、英文名及其在UniProt数据库中的序列条目名。列出与该序列条目收录的与该蛋白质直接相关的文献；简述该蛋白质（或近缘物种中同源蛋白）功能、表达、定位、互作、家族、结构域、翻译后修饰等注释信息；简述该蛋白质序列特征信息；通过数据库交叉链接，查看并总结该蛋白质相关资源。通过数据库链接或查询NCBI核酸序列数据库，找出RefSeq或GenBank中该蛋白质编码基因，列出其登录号，简述其基本注释信息。 利用蛋白质序列特征分析平台ProtScale分析该蛋白质不同区域亲疏水特征、跨膜倾向性、二级结构分布、溶剂可及性、柔性等基本特征。利用蛋白质预测平台PredictProtein分析和预测该蛋白质二级结构、二硫键、跨膜螺旋、无序区域、亚细胞定位、结合位点和突变敏感性等。利用EMBOSS_Explorer序列分析平台，分析蛋白质编码区序列的密码子使用偏好性，进行酶切位点分析。利用蛋白质家族和结构域分析平台MEME, SMART, HMMER, InterPro等分析其结构域特征。根据上述分析结果，简述为实验研究可以提供哪些参考信息。 以课题相关蛋白质为检测序列，分别选择BlastP、PSI-Blast和DELTA-Blast等不同程序进行数据库有哪些信誉好的足球投注网站，分析比较有哪些信誉好的足球投注网站结果，结合帮助文档，说明不同程序的特点。以课题相关蛋白质为检测序列，分别有哪些信誉好的足球投注网站PDB, Swiss-Prot, RefSeq_Protein和NR数据库，分析比较有哪些信誉好的足球投注网站结果，结合帮助文档，说明不同数据库的特点。以课题相关蛋白质为检测序列，选择适当数据库，分别改变种子序列字长（Word size）、计分矩阵（Matrix）、期望阈值（Expect threshold），比较分析有哪些信誉好的足球投注网站结果，说明上述参数对有哪些信誉好的足球投注网站结果的影响。 利用UniProt数据库检索或Blast数据库有哪些信誉好的足球投注网站，找出课题相关蛋白质在代表性物种中的同源蛋白，进行系统发生分析。利用TimeTree网站找出上述代表性物种的系统发生树，并和所构建的系统发生树进行比较，分析两者的异同，说明可能的原因。 若课题相关蛋白质结构已经测定，浏览PDB数据库中注释信息，参阅相关文献，利用蛋白质结构分析软件进行系统分析；若该蛋白质结构尚未测定，预测其全长序列或某个结构域的三维结构，并对预测结果进行分析。说明上述结构分析结果对下一步研究的参考意义。 根据上述分析结果，谈谈对研究课题的设想和计划。