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使用BrainNet Viewer 进行可视化 Alex / 2019-01-12 / free_learner@163.com BrainNet Viewer 是一个基于MATLAB 的可视化工具，适合于展示基于图论的脑网络分析结果。 一、下载和安装 下载安装包（地址/projects/bnv/）；将安装包解压后添加（包括子文件夹）到 MATLAB 的有哪些信誉好的足球投注网站路径；在MATLAB 命令行输入BrainNet 即可。另外，在安装包中包含了名为 “BrainNet_Manual.pdf”的使用手册，后面的内容均来自使用手册。我使用的版本为Version 1.63 。 二、四种文件（图像元素/信息） BrainNet Viewer 中最多包含四种文件，也即一幅图中最多包含四种图像元素，最多呈现四种不同的信 息。这四种文件分别为： （1）Surface （皮层） 在安装包的Data/SurfTemplate 子目录下存放着自带的皮层文件，比如BrainMesh_ICBM152.nv ；皮 层文件是一个.nv 结尾的纯文本文件，里面包含四部分信息，包括顶点数量/顶点坐标/三角形数量/构成三 角形的顶点索引。 （2）node （节点） 在安装包的Data/ExampleFiles 子目录下存放着自带的节点文件，比如Node_Fair34.node ；节点文件 是一个.node 结尾的纯文本文件，包含6 列，第1-3 列表示节点的坐标，第4 列表示节点的颜色，第5 列 表示节点大小，第6 列表示节点标签（名称）。 （3）edge （边） 在安装包的Data/ExampleFiles 子目录下存放着自带的边文件，比如Edge_Fair34_Weighted.edge ；节 点文件和边文件应该具有对应关系，比如节点文件包含34 行（即34 个节点），那么边文件应该包含34 行和34 列（即34*34 的连接矩阵）。 （4）volume （体积） 什么是体积呢？这里的体积指的数据存储格式，相对于皮层文件而言，比如以.nii 和.img/.hdr 结尾的文 件是常见的体积格式。除了节点和边，体积文件是BrainNet Viewer 可以展示的第三种信息。由于体积 文件和皮层文件格式不同，所以体积文件携带的信息需映射到皮层文件上。下面两张图分别是在体积和 皮层上呈现同一信息： （5）在BrainNet Viewer 中打开File - Load File ，在弹出的界面选择四种文件，选择‘OK’ 。 三、对四种文件的可视化 将四种文件读入后，分别对不同的文件（信息）进行可视化： （1）对于皮层文件，可以改变皮层的颜色和透明度等； （2）对于节点文件，可以选择呈现部分节点（Draw），是否呈现标签（Label），改变节点大小 （Size）以及改变节点颜色； （3）对于边文件，可以选择呈现部分边（Draw），改变边的半径（Size），改变边的颜色（Color）以 及改变边的透明度（Opacity）； （4）对于体积文件，可以选择体积文件类型（Type Selection），设置阈值和团块大小（Statistic）以 及体积-皮层转换的算法（Volume mapping）等。 （5）除了对四种文件的可视化外，还提供了一些其他选项，包括视角（Layout）、背景颜色 （Global）和图像分辨率（Image）等。 （6）设置好选项后，选择‘OK’或‘Apply’ 。 四、总结 相比于我用过的其他一些可视化工具（比如FSLeyes），BrainNet Viewer 特别适合于呈现图论分析的 结果，在呈现其他类型信息的时候有一些局限性。另外就是这个软件运行比较慢，交互性较差。