山东省三处盐场环境中嗜盐菌多样性调查及六株嗜盐新菌的分类学研究微生物学专业论文.docxVIP

∥f只车硕士学位论文目录 ∥f只车硕士学位论文 目录 摘!要 ．．I ABSTRACT 。V 缩略词 第一章绪论 ．1 1．1嗜盐微生物的分类 ．1 1．2环境多样性和嗜盐菌的环境适应性 ．．2 1．3嗜盐菌的应用 ．4 1．3．1环境友好材料PHB的生物合成 ．4 1．3．2生物处理高盐有机废水 6 1．4立题依据 ．7 第二章山东省盐场环境中嗜盐菌的筛选及其区系调查 8 2．1实验材料 ．8 2．1．1样品 ．8 2．1．2培养基及溶液 ．9 2．1．3实验试剂 9 2．1．4主要实验仪器 9 2．2实验方法 1 O 2．2．1样品处理 ．10 2．2．2样品的稀释涂布及培养 ．．1 0 2．2．3样品的富集培养 ．10 2．2．4菌落的统计及分离纯化 ．11 2．2。5基于16s RNA基因的菌株鉴定 11 2．3实验结果与分析 12 2．3．1预实验结果分析 ．12 2．3．2实验结果分析 ．19 第三章免培养细菌区系的演替规律的研究 28 3．1 ILLUMINAMISEQ高通量测序 28 3．1．1生物信息学分析 ．28 3．2不同盐场样品中免培养细菌区系的分布规律 32 3．2．1原始数据质量控制 ．32 3．2．2 OTU聚类结果展示及说明 34 3．2．3基于物种丰度分析结果展示 ．36 3．2．4基于群落结构分析结果展示 。 39 3．3可培养细菌与免培养细菌区系的比较 48 第四章六株嗜盐菌新物种的多相分类学研究 ．49 4．1实验材料 49 4．1．1实验对象 ．49 4．1．2培养基与溶液 ．49 万方数据 o o 1只霉硕士学位论文 鲁盲—__l暑鼍———詈暑—___皇I————昌詈量皇詈詈皇薯__l量ej量暑鲁暑宣_illl宣llllE詈詈量量墨皇昌曹_-昌置—l_田墨量量鼻暑暑皇鲁l_墨昌置墨_量 4．1．3实验试剂 ．50 4．1．4主要实验仪器 ．50 4．2实验方法 5 1 4．2．1基于遗传学的分类鉴定 ．5 1 4．2．2微生物表型及生理生化特征的测定 ．52 4．2．3化学特征分析 ．53 4．2．4菌株保藏 ．55 4．3实验结果与分析 55 4．3．1嗜盐长单胞菌(Longimonas halophila gen．nov．，sp．nov．)SYD6T的多相 分类鉴定 55 4．3．2赭色嗜盐丝状菌(Halofilum ochraceum gen．nov．，sp．nov．)XJl6T的多相 分类鉴定 63 4．3．3嗜盐螺旋杆菌(Spiribacter halophilus sp．nov．)2W06T的多相分类鉴定．71 4．3．4嗜盐另矿生菌(Aliifodinibius halophilus sp．nov．)2W32T的多相分类鉴 定以及巴纽尔斯菌科的建立 78 4．3．5嗜盐红色盐杆菌(Rhodohalobacter halophilus gen．nov．，sp．nov．)JZ3C29T 的多相分类鉴定以及关于鞘脂杆菌纲分类单元重新划分的思考 90 4．3．6盐场长杆菌(Longibacter salinarum gen．nov．，sp．nov．)WDS2C 1 8T的多 相分类鉴定 98 第五章嗜盐菌XJl6T，2w06T和JZ3C29r基因组生物信息学分析 ．106 5．1实验材料和方法 ．．1 06 5．1．1实验材料 106 5．1．2实验方法 1 06 5．2实验结果与分析 。108 5．2．1基因组序列拼装与分析 108 5．2．2功能元件分析 110 5．2．3亚系统分析 112 5．2．4蛋白编码基因的亚细胞定位分析 113 5．2．5蛋白编码基因功能注释 114 第六章总结与展望 118 参考文献 ．．． ．．． 120 附录 ． ．．136 致谢 ． ． ． ． ． ．． ． ． ．169 资助情况 ．170 攻读学位期间发表和撰写的学术论文目录 。171 万方数据 厶￡石墨硕士学位论文CONTRACT 厶￡石墨硕士学位论文 CONTRACT ABSTRACT倒CHINESE) 。I ABSTRACT(IN ENGLISH) ．V ABBREVLATIONS 。 。 ．XI CIIAPTER l INTRODUCTION 。1 1．1 THE CLASSIFICATION OF HALOPHILIC MICROORGANISMS 1 1．2 ENVIRONMENlAL DIVERSITYAND BIOLOGICAL SURVr、，ABILITY OF HALOPHILIC BACTERIA ．．2 1．3 T髓APPLICATION OF HALOPHILIC BACTERIA 4 1．3．1 Biosynthesis