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全转录组时代来临,你准备好了吗? 转录调控事业部 时间:2016年4月 主要内容 03/ Case举例 我们通过结合不同的测序手段和发表的高水平文献,展 示这些高通量测序技术的应用范围和应用策略,结合不 01/ RNA分类和特征 同的研究手段对项目的生物学意义进行深入的多维数据 整合 RNA在生物的中心法则占据枢纽 位置,针对不同的研究目的,研 02/ 分析内容解读 究特定类型的RNA ,RNA 的特性 也决定了选择不同的提取、检测、 通过Illumina平台的高通量测序,会产生大量的碱基序 建库和测序方式 列信息,后续需要通过专业的集群设备和生物信息学 算法针对这些信息进行处理,包括新基因序列拼接, 基因表达定量,序列结构变化检测,功能富集等初步 的分析 01/ RNA分类和特征 RNA分类和特征 RNA :是以DNA的一条链为模板,以碱基互补配对 原则,转录而形成的一条单链,主要功能是实现遗 传信息在蛋白质上的表达,是遗传信息传递过程中 编码 RNA mRNA 的桥梁。 miRNA RNA sRNA siRNA piRNA 非编码 RNA rRNA 基因间lncRNA 环状RNA lncRNA 基因内lncRNA 反义lncRNA RNA分类和特征 针对不同的研究目的,选取不同类型的RNA :mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA…… 针对不同类型的RNA ,选择不同的研究方式:RNA富集方式、建库方式…… 全转录组 全转录组是指特定细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA (non- coding RNA )。 针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用的small RNA ,lncRNA和circRNA。基于二代测序技术的 全转录组测序研究,可同时分析同一样本中的mRNA、lncRNA、circRNA、small RNA ,致力于深入挖掘生 命现象背后的转录调控问题。 1 | mRNA 01 RNA研究概论 ▶ RNA的作用及调控机制 2 | lncRNA lncRNA :是(long non-coding RNAs )是一类长度大于200nt但不编码蛋白质的RNAs ,广泛存在于动植 物中。它们曾长期被误认为是遗传暗物质,但近些年研究证实这类RNAs在生物的生命活动过程中起着 重要的调控作用。 长度在200-100,0
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