福州市手足口病病原调查及基因进化研究-流行病与卫生统计学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 目录 中文摘要………………………………………………………1 英文摘要………………………………………………………3 英文缩略词表…………………………………………………6 前言……………………………………………………………7 材料与方法……………………………………………………11 结果……………………………………………………………26 讨论……………………………………………………………54 结论……………………………………………………………61 参考文献………………………………………………………62 致谢……………………………………………………………67 综述……………………………………………………………68 福州市手足口病病原调查及基因进化研究 中文摘要 目的 1、对 2012 年福州市手足口病进行病原学调查，旨在全面了解福州地区手足 口病的肠道病毒谱，分析主要病毒型别的遗传进化特征，为手足口病的预防控制 提供科学依据。 2、鉴定 2012 年福州市 CVA6 阳性病例的比例，分析 CVA6 阳性病例的流行 病学特征。 方法 1、收集 2012 年福州市区临床表现为手足口病的样本 1031 份，通过荧光定 量 RT-PCR、巢式 RT-PCR 以及 NCBI 提供的 BLAST 序列比对确定肠道病毒型别。 2、利用 CVA6 特异性引物鉴定 2012 年福州市其他肠道病毒，分析 CVA6 阳 性病例的三间分布。 3、选择 2012 年的 EV71、CVA16、CVA6 阳性样本进行病毒分离和核酸提 取，通过 RT-PCR 对其进行 VP1 和 5-UTR 序列扩增，序列测定后使用 mega5.02 进行基因片段的拼接、比对和分析，并将福州株与 GenBank 上相关的代表株进 行同源性和亲缘进化分析。 结果 1、1031 份标本中 878 份 EV 阳性，检出率为 85.16%（878/1031），其中 EV71 426 例，阳性率为 45.52%(426/878)；CVA16 93 例，阳性率为 10.60%(93/878)； 其他肠道病毒 359 例，阳性率为 40.88%(359/878)，其中 CVA6 为 218 例，阳性 率为 24.83%（218/878）。此外，还发现 CVA10 和 Echo3 肠道病毒。 2、流行病学特征。时间上：CVA6 构成比情况在各月有较大差异，总体起 伏明显。2012 年 9 月的病例多数由其他肠道病毒引起，而且以 CVA6 为主。该 月病例中 CVA6 型占 62.50%。地区上：A6 分布存在地区差异。永泰县明显高于 全市其它县（市）区，A6 阳性率为 54.55%（95%CI: 25.12%-83.97%）。人群间： 0-5 岁年龄组儿童为主要发病人群（构成比为 94.04%）。男女性别比为 1.66:1。 3、福州 EV71 株与 C4a 亚型毒株具有最高的 VP1 同源性，为 92.9%-97.3%， 与 2008 年安徽阜阳毒株同源性为 96.7%。VP1 进化树显示：EV71 可以划分为 A、 1 B、C 三个基因型，福州株属于 C4a 亚型。在 5-UTR 核苷酸序列方面，福州 EV71 分离株和 C4a 亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性，为 96.7%-98.8%。5-UTR 进化树显示，福州地方株与 C4a 亚型的众多毒株聚集成簇。 4、福州 CVA16 地方株和 B1b 亚型代表株具有最高的 VP1 核苷酸序列同源 性，为 90.8%-93.2%。VP1 进化树显示，CVA16 可以划分为 A、B 两个基因型， 福州地方株属于 B1b 亚型。在 5-UTR 核苷酸序列方面，福州 CVA16 分离株和 B1b 亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性，为 94.8%-97%。5-UTR 进化树 显示：福州地方株与 B1b 亚型的众多毒株聚集成簇。 5、CVA6 福州地方株与其原型株(Gdula 株)的 VP1 核苷酸序列同源性为 %-79.8%。VP1 进化树显示，CVA6 可以划分为 A、B、C 三个簇（cluster）， CVA6 福州地方株属于 Cluster C，福州 CVA16 分离株和 C 簇代表株具有最高的 核苷酸序列同源性，为 86.1%-98%。在 5-UTR 核苷酸序列方面，CVA6 福州地 方 株 与 A 、 C 各 簇 分 离 株 的 核 苷 酸 序 列 的 同 源 性 依 次 为 89.1%-91.3% 和 91.7%-99.7%。福州 CVA16 分离株和 C 簇代表株具有最高的核苷酸序列同源性。 5-UTR 进化树显示，基于 5-UTR 和 VP1 基因的树形在形态上接近。 结论 1、EV71、CVA16 和