物种分类数据库帮助.PDF

物种分类数据库帮助 1. 简介 - 1 - 2. 数据查询 - 1 - 3. 限定词说明 - 2 - 4. 数据显示说明 - 2 - 4.1. Info 格式说明 - 2 - 4.2. XML 格式说明 - 3 - 4.3. 详细结果说明 - 5 - 5. Common Tree - 6 - 6. 数据下载流程 - 7 - 7. 常用生物 - 8 - 8. 附录 - 8 - 8.1. 生物分类法 - 8 - 8.2. Taxonomy Rank 值 - 13 - 2008 年12 月15 日 1. 简介 在生物研究体系中，物种分类是一项重要的原则。普通世系的遗传和同源性，以及决定 功能的序列和结构的保守性都是与生物进化史有关的主导思想（有关分类方法的详细介绍见 附录1.生物分类法）。因此，物种分类数据库是LSBI 所有数据库之间的重要连接。 Taxa ：代表整个物种树中的一个节点，该节点可以是物种，也可以是比物种更高级的分类单 元如门、纲、目、科、属等。 物种树：整个物种数据库中的taxa 相互联系，构成一个树状结构，称为物种树。 Rank ：Rank 表明一个taxa 的分类级别。如Rank 为目（order ）的taxa 比rank 为科 （family ） 的taxa 级别要高等等，完整的rank 列表请参考附录。 子树：一个taxa 的子树为该taxa 在物种树中的子节点构成的树，该taxa 为自身子树的根节 点。 Lineage ：一个taxa 的世系链，或者通俗的说该taxa 的祖先。从根节点开始至任意节点的路 径，被称为该任意节点的世系。 2. 数据查询 在首页上点击 “数据资源”按钮，选择 “物种分类数据库”进入物种分类数据库主页，点击 左侧边栏的 “高级检索”可进入数据查询页面，如下图所示： 物种分类数据库提供了限定词，以用于对数据的更精确查询，能够使用的限定词包括以 下8 种：Taxonomy ID 、All Names、Scientific Name、Common Name、Rank、SubTree、Lineage 以及Properties 。 除了提供限定词查询外，物种分类数据库在主页的下文还提供了一些数据示例，用户可 以直接点击相应的链接，从而进行快速查看。 - 1 - 3. 限定词说明 物种分类数据库中包含的限定词说明请见下表： 限定词 描述 Taxonomy ID 物种在分类数据库中的ID All Names 学名、俗名以及一些其它的名字 Scientific Name 学名 Common Name 通俗名 Rank 分类节点的等级，如界、门、科等 4. 数据显示说明 4.1. Info 格式说明 序号，学名Scientific name 分类流水号Taxonomy ID 别名synonym 分类等级Rank 世系Lineage 遗传密码Genetic code 线粒体遗传密码Mitochondrial genetic code - 2 - 4.2. XML 格式说明 - 3 - TaxaSet为根标签 Taxon TaxId为Taxonomy ID ScientificName学名 OtherNames包括synonym；in-part ；blast name ；genbank common name ；equivalent name ； includes ；misspelling ；common name ；