菜鸟gromacs.docVIP

本人菜鸟接触Gromacs不到三周，刚开始没有一点基础，软件的安装都是师兄帮助弄得，很惭愧，经过这段时间的学习对Gromacs有了一定的了解，今天斗胆拿出来给大家分享，或许对想要学习Gromacs的会有些帮助吧1.打开“终端”输入自己要处理的文件“fws.pdb”所在的路径：cd /home/fws 回车（这就进入了fws文件夹，linux不同于windows系统，它是一种开发环境，所有操作都可以甚至必须在命令行中完成）2.由pdb文件生成.gro（结构文件）和.top（拓扑文件）：pdb2gmx –f fws.pdb –o fws.gro –p fws.top回车“选择力场”——“0”回车（参数说明：-f指定你的坐标，可以是pdb，gro等包含分子坐标的文件-o 输出文件，也就是处理过的分子坐标文件，同样可以是pdb，gro等文件类型-p 输出拓扑文件，pdb2gmx读入力场文件，根据坐标文件建立分子系统的拓扑）3.生成溶剂盒子及加入溶剂（1）生成盒子：editconf –bt cubic -f fws.gro -o fws.gro -d 0.7回车(参数说明：-f指定你的坐标-o 输出文件-bt 盒子类型，有正方形，长方形……-d 分子离盒子表面的最短距离，与bt配合使用)（2）加入溶剂：genbox -cp fws.gro -cs spc216.gro -o fws_b4em.gro -p fws.top回车(参数说明：-cp指定带盒子参数的分子坐标文件-cs添加水分子模型，如spc216，spce等)4.能量最小化（1）预处理：grompp -f em.mdp -c fws_b4em.gro -p fws.top -o fws_em.tpr回车（参数说明：.mdp文件为分子动态参数文件包含分子动态仿真的所有信息，如时间，压力，温度等，需要自己编写，具体模板见附件）（2）能量优化：mdrun -s fws_em.tpr -o fws_em.trr -c fws_b4pr.gro回车（注：能量最小化的目的是消除加入溶剂后分子内部的张力，并调整间距小于范德华半径的原子，使系统稳定）5.位置限制的分子动力学优化：grompp -f pr.mdp -c fws_b4pr.gro -p fws.top -o fws_pr.tpr回车(参数说明：.tpr输入文件.trr轨迹文件)mdrun -s fws_pr.tpr -o fws_pr.trr -c fws_b4md.gro回车（注：位置限制分子动力学保持蛋白质的位置不变，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间空洞，这些可能存在的空洞是genbox程序产生的）6.无束缚条件下的完全动力学模拟：grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -p fws.top -o fws_md.tpr回车mdrun -s fws_md.tpr -o fws_md.trr -c fws_md.gro回车7.查看结果ngmx -f fws_md.trr -s fws_md.tpr回车结果分析：1.选择体系的一部分，以便分析 . 采用make_ndx 命令。 make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx r 1 36 37 72 73 108 （按残基选择，还可按其他方式进行选择） name 15 Terminal （对选择的这部分残基命令） v （查看） q (退出）2.对比初始PDB文件与最后结构文件的差异：g_confrms -f1 fws.pdb -f2 fws_md.gro -o fit.pdb(fit.pdb文件包含两个位置重叠的结构)3. 分析能量： g_energy –f ener.edr –o fws_pe.xvg 然后选择要输出的数据部分。（注：.edr是系统能量文件，该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用的能量等.xvg文件是数据表需要Grace打开）3. 分析原子的均方根偏差（RMSD）： g_rms –s fws_md.tpr –f fws_md.trr –o fws_rmsd.xvg 4.分析回旋半径变化 g_gyrate –f fws_md.trr –s fws_md.tpr –o fws_gyrate.xvg