一起青年学员急性传染性肺炎暴发病因学探究-etiology of an outbreak of acute infectious pneumonia among young students.docxVIP

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2018-06-03 发布于上海
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一起青年学员急性传染性肺炎暴发病因学探究-etiology of an outbreak of acute infectious pneumonia among young students.docx

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一起青年学员急性传染性肺炎暴发病因学探究-etiology of an outbreak of acute infectious pneumonia among young students

anoutbreakofacuteinfectiouspneumoniaatbiomolecularandserologicallevel.MethodsDoubleserafromseventy-onepatientsatacuteandrecoverystageofillnesswereobtainedrespectivelyanddetectedbyELISA.Real-timePCRassaysfordetectingfiverespiratorypathogenswereestablishedbasedontheirrelevantreferencestrains.DNAandRNAfromtheserumwereabstracted,thenthepolymerase-chain-reactionwithspecificprimertohumaninfluenzavirusAandB,L.pneumophila,severeacuterespiratorysyndromecoronaviruses,humanCoronavirusesOC43/229E（hCoVOC43/229E）andmycoplasmapneumoniae,wereconductedsimultaneouslybyunbiasedhigh-throughputsequencing,whichwasanalyzesbySolesasystem,foridentifyingmicrobialsequences.ResultsThespecificdetectionin71acutestageserashowedthatsixteen(22%)wereanti-MPIgMand/oranti-MPIgGpositive.Andinourspecificreal-timePCRdetectionswithspecificprimersandprobesshowedthenegativeresults;In582750readsamplifiedbyunbiasedhigh-throughputsequencing,nonewasspecificforviralsequences.ThefurtheranalysisascomparedinSolexasystemalsorevealedthenegativefindingsforhumaninfluenzavirusA,M.pneumoniae,L.pneumophila,SARSCoV,hCoV（OC43/229E）andhumanrhinovirus.ConclusionsSixteenpatientswerediagnosedasmycoplasmapneumoniaeinfectionsandthemorbidityis22%(16/71),whilecauseofthisoutbreakofacuteinfectiouspneumoniainatrainningcampcannotbeidentifiedbyserologicalandbiomolecularmethods.Unbiasedhigh-throughputsequencinggotannegativeresult,asweknowthatobtainingappropriatespecimensintimesisakeyforetiologicalstudy.So,wedidn’tgetrespiratoryswabsmightbethemostlikelyreasonforthenegativegenetictesting.KeywordsInfectiouspneumonia;Outbreak;Real-timePCRassay;Unbiasedhigh-throughputsequencing7英文缩略词表缩写词中文名称英文名称H3N2甲型流感病毒influentvirusA-H3N2H5N1甲型流感病毒influentvirusA-H5N1hCoV（OC43/229E）人冠状病毒humanCoronavirusesOC43/229ESARSCoV严重急性呼吸综合症冠状病毒SevereAcuteRespiratorySyndromeCoronavirusesMP肺炎支原体MycoplasmapneumoniaL.pneumophila嗜肺军团菌LegionellapneumophilaCAP社区获得性肺炎Community-acquiredpneumoniaePCR聚合酶链反应PolymerasechainreactionCP肺炎衣原体ChlamydiapneumoniaeHIV人类免疫缺陷病毒Humanimmunodef