《生物信息学)基因组功能分析知识介绍.pptVIP

基因组结构分析;基因组，Genome，一个细胞或者生物体所携带的全部遗传信息。 然而，基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。;基因具有几个重要的特征： 基因是一种相对独立的遗传信息单位； 基因是一段DNA分子，遗传信息贮存在DNA中； 基因通过指导合成蛋白质或RNA，进而产生生理功能，或影响其他基因的表达。 ;1.基因组较大。真核生物的基因组由多条线形的染色体构成，每条染色体有一个线形的DNA分子，每个DNA分子有多个复制起点； 2.不存在操纵子结构。真核生物的同一个基因簇的基因，不会像原核生物的操纵子结构那样，转录到同一个mRNA上； 3.存在大量的重复序列。真核生物的基因组里存在大量重复序列，通过其重复程度可将其分成高度重复序列、中度重复序列、低度重复序列和单一序列； ;4.有断裂基因。大多数真核生物为蛋白质编码的基因都含有“居间序列”，即不为多肽编码，其转录产物在mRNA前体的加工过程中被切除的成分； 5.真核生物基因转录产物为单顺反子； 6.功能相关基因构成各种基因家族。 ;human;模式生物基因组计划;;模式生物(Model Organism);Escherichia coli大肠杆菌;Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母;秀丽线虫Caenorhabditis elegans一种透明的、生活在海滩泥沙中的小虫。;Drosophila melanogaster果蝇;Arabidopsis thaliana拟南芥;Oryza sativa水稻;模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);*;一、CpG岛的预测;CpG表示核苷酸对，其中G在DNA链中紧随C后。然而，在许多基因的启动子（promotor）或“起始”区域周围，甲基化经常被抑制。这些区域包含浓度相对较高的CpG对，与此段区域对应的染色体区段一起被称作CpG岛，其长度通常在几百到几千核苷酸的长度内变化。在基因表达的调控和基因突变上都可能扮演着重要的角色。 正常细胞的CpG岛由于被保护而处于非甲基化状态。全基因组低甲基化，维持甲基化模式酶的调节失控和正常非甲基化CpG岛的高甲基化是人类肿瘤中普遍存在的现象。以往的研究证明启动子??的高甲基化导致抑癌基因失活是人类肿瘤所具有的共同特征之一 ;CpG岛 常位于真核生物基因转录起始位点，GC含50% ，长度200bp的一段DNA序列。 通常，这些CpG岛不仅是基因的一种标志，而且还参与基因表达的调控和影响染色质的结构。 ;*;提交序列;*;练习一 熟悉CpG有哪些信誉好的足球投注网站数据库;二、启动子预测与分析;目的： 寻找promoter区域 预测Transcription factor binding site ;1.寻找promoter区域;寻找promoter区域;;寻找promoter区域;寻找promoter区域;1.寻找promoter区域;寻找promoter区域;在右边Change region shown输14873777 Display options选择Show reverse complement 可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列;练习二 利用NCBI数据库获得启动子序列;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;1.寻找promoter区域;寻找promoter区域;5 Flanking sequence 输入2000 Options for FASTA sequence中Genomic选5 Flanking sequence， deselect all 点击Next（不管正反此法都适用）;寻找promoter区域;1.寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;2.预测Transcription factor binding site; 左边转录因子选择MA0061.1?NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击SCAN 结果得到5个 Transcription factor binding site， 其中Strand -1没有特殊意义，另外三个GGGAAATACC得分最高? ; Step1 selectspecies选择human Step2 SelectFactors选择NF-kappaB [T00590] Step3 SearchSites输入ANKH的promoter区域 结果中有一个位点TGGGAAATACCT，与