中文insgihtII手册.pdfVIP

18 5. InsightII 基本操作概要 上述 SWISS-MODEL 的限制可以利用InsightII/Homology （MSI ）來解決。接下 來的章節將簡單介紹InsightII 的基本操作及InsightII/Homology 模組（module ） 中Modeler pulldown 和MODELLER4.0 的使用說明，這些程式與軟體均有線上 指導或手冊，使用者請詳細閱讀。InsightII 是MSI (Molecular Simulation Inc.)的 產品之一，必威体育精装版的版本是InsightII2000，是一個必須在SGI 工作站下執行而且具 有多功能及視窗介面的分子模擬軟體。 ※開啟視窗： 首先是在UNIX 系統下設定工作環境，鍵入 source /msi/biosym/cshrc InsightII 之後，InsightII 的視窗介面便打開如圖八，原來的視窗變更為文字視窗（textport） 用來顯示執行過程及資料。 （圖八）Viewer Module 視窗介面 19 將游標按到module icon 上，則出現基本模組（有購買執照的模組）（圖九），依 需要選擇適當的模組，例如Homology ，其功能出現在pulldown 第二層（圖十）。 （圖九）InsightII 的基本模組 ※滑鼠功能 滑鼠置於command area 內， 左側鍵：selection atom(s) 中間鍵：translation 右側鍵：rotation 中間鍵加右側鍵：zoom in/out 20 （圖十）Homology module ※存取及檢視三維結構 在InsightII 視窗介面下，經由讀取座標檔案，例如*.pdb，pdb*.ent，*.mol，*.car 等等，來檢視小分子或蛋白質的三維結構。以 1CQQ.pdb 為範例，基本的操作如 下： 1. 選擇 Molecule/Get（圖十一），Get File Type: PDB on，Mol File Name: 1CQQ.pdb，Heteroatom on，按Execute，視窗介面則出現包含水分子及抑制 劑AG7088 的P_1CQQ。 2. 選擇 Object/DepthCue ，增加視窗介面中分子的亮度，然後選擇 Transform/Clip，Slab Thickness 由default 設定的50 改為 1000，視窗介面 中的分子則出現全貌。 21 （圖十一）Molecule pulldown 3. 選擇Molecule/Color，Attribute on，Molecule Spec: P_1CQQ，按到Color 下方的空格，選擇紫色（255,0,255），按Execute，視窗介面中P_1CQQ 變 成紫色。 4. 選擇 Molecule/Display，Display Operation: Only on，Atom Set: Trace， Molecule Spec: P_1CQQ，按Execute，視窗介面中只顯示P_1CQQ 的Cα atoms。Display Operation: Off on，按Execute，視窗介面中P_1CQQ 則消 失。 5. 選 擇 Molecule/SecondaryRender ， Molecule Name: P_1CQQ ， Render_Operation: Create on，Classify_Source: PDB_Classification on， Helices、Sheets、Turns、Random_Coil on，視窗介面中