环境微生物学第一章微生物分类学.ppt

16S rDNA序列 内转录间隔区ITS（internal transcribed spacer ） 分离菌株 形态培养 分子鉴定 生理生化 分析结果 第三节 微生物分类方法和分类系统 一、常用的分类方法 经典分类法(classic taxonomy) 它的特点是随机的和不系统的根据少数几种特征进行分类。常用的特征主要是形态特征和生理生化特性。 科以上的分类以形态结构为主，科以下的以生理生化特性加形态为主。 数值分类法(numerical taxonomy) 根据较多的特征进行分类，一般为50-60个，多者可达100个以上，在分类中，每一个特性的地位是完全等同的。 通常是以生理生化特征，对环境的反应和忍受性以及生态特性为依据。最后，将所测菌株两两进行比较，并借用电子计算机计算出菌株间的总类似值。再结合主观上的判断(如划分类似程度大于85%者为同种；大于65%者为同属等)，排列出一个个分类群。 化学分类法(chemotaxonomy) 根据微生物细胞的特征性化学组分进行分类。 可分析细胞壁中的肽聚糖及其结构、多糖、胞壁酸等； 分析细胞膜化学组成、脂肪酸等； 分析蛋白质的氨基酸序列、血清学、电泳图谱等； 分析微生物的代谢产物等。 遗传分类法(genetic taxonomy) 遗传分类法的特点，主要是从遗传学角度估价微生物间的亲缘关系。以G+C含量和不同来源DNA之间碱基顺序的类似程度及同源性为依据，进行分类。 1.苏联克拉西里尼科夫著的细菌和放线菌的鉴定； 3.美国伯杰(D.Bergey)等人主编的伯杰氏鉴定细菌学手册(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology)； 2.法国普雷活著的细菌分类学。 二、细菌分类系统 The first edition of Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology is largely phenotypic and divides the bacteria into groups based on easily determined characteristics such as shape, Gram-staining properties, oxygen relationships, and motility. The second edition, with its five volumes and 30 sections, will be phylogenetically organized and distribute procaryotes among two domains and at least 14 kingdoms. Bacterial taxonomy is rapidly changing due to the acquisition of new data, particularly the use of molecular techniques such as the comparison of ribosomal RNA structure and chromosome sequences. This is leading to new phylogenetic classification. Developing trends 思考题 如何对科研或者生产中分离的一株微生物进行分类、鉴定和命名？ Thanks for your presence and advice！ * 由于对种的认识还可能出现分歧，所以目前微生物分类中所描述的种，在不同程度上都有人为的、暂时的性质，而且不可避免地出现一些混乱 * 有一种芽孢杆菌，除了在酷氨酸培养基上产生黑色素这一特性不同于典型的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)外，其余特性完全符合，于是就将这种芽孢杆菌称为枯草芽孢杆菌黑色变种(Bacillus subtilis var.niger)。 * 以上各学名中的第一个字是属名，为拉丁字名词，用以表示微生物的主要特征是葡萄球菌、曲霉、酵母菌、梭菌、加夫基氏菌，第二个字是种名，为拉丁字形容词，用以描微生物的次要特征是金黄色的、黑色的、四联的、引起破伤风病的、由巴拿马来的、巴斯德的。 * 红外吸收光谱脂类是生物体内的一类重要物质，由于它们在微生物不同属或种中具有特征性，微生物的脂类分析已用于细菌分类鉴定。 微生物存在有不同种类的细胞色素，近来已将它用作微生物分类的依据。 * 1)DNA中G+C的摩尔分数分析：每一个微生物中DNA的G+C的摩尔分数是稳定的，不随环境因素的变化而变化，而且每一个微生物类群、属、种都有自己特定的数值范