使用AgilentVistaFlux对软骨肉瘤细胞系进行13C-谷氨酰胺定性代谢.PDFVIP

使用 Agilent VistaFlux 对软骨肉瘤细胞系 进行13C-谷氨酰胺定性代谢流分析 应用简报 代谢组学 作者 摘要 Hui Liu、Weige Qin、Hardik Shah、 在缺少动态信息的情况下，代谢组学数据的解读通常十分复杂，这是因为在相应代谢物 Bhavapriya Vaitheesvaran、 丰度未发生改变时，通过某个通路的代谢流也可能会发生显著变化。稳定同位素示踪 Vladimir Yong 和 Justin R. Cross （定性代谢流分析）的巨大潜力有助于解决这些状况，还可以更深入地了解生物系统。 13 15 2 Donald B. 和 Catherine C. Marron 在定性代谢流分析中，将稳定同位素示踪物 （通常含有 C、 N 或 H）引入生物系 癌症代谢中心， 统，导致下游代谢物的同位素模式 （同位素体分布）发生改变。该方法尤其适用于便于 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 引入稳定同位素示踪物以及分析所产生标记模式的细胞培养模型，示踪物掺入的动力学 参数可为酶功能、通路依赖性，以及基因表达或蛋白功能变化的影响提供见解。 Lucia Salamanca-Cardona 和 Kayvan R. Keshari Agilent MassHunter VistaFlux 软件被设计为完整的工作流程，可帮助科学家进行定性 放射学与分子药理学项目部， 代谢流分析，并有助于高分辨率准确质量数 TOF 和 Q-TOF LC/MS 数据的处理和可视 纪念斯隆-凯特琳癌症中心 化。软件提供的工具可进行特征提取、同位素掺入分析、同位素体丰度分析、天然丰度 校正、统计学分析以及通路的数据可视化。 本应用简报展示了软骨肉瘤细胞系中的 实验部分 需要注意的是，由于改变细胞培养基及用 1 3 定性代谢流分析，其中使用 C 5 - 谷氨 PBS 清洗均会干扰快速交换的代谢物组， 13 细胞培养和试剂 酰胺 (U- C-Gln) 作为示踪物。采用安捷 因此在该定性代谢流实验中，仅在加入含 2 伦 LC/TOF 系统进行数据采集，并使用 人软骨肉瘤 CS-1 细胞系 ，采用 DMEM 培 有稳定同位素的培养基之前用 PBS 清洗细 MassHunter VistaFlux 进行数据分析和解 养基，其中含有 10% FBS、25 mM 葡萄 胞。收集细胞时，吸出培养基后无需额外 析。研究证明了异柠檬酸脱氢酶 2 (IDH2) 糖、4 mM L-谷氨酰胺、100 单位/mL 青 清洗即直接加入提取溶剂，以便最大程度保 的突变对三羧酸循环代谢产生的影响，特别 霉素以及 100 µg/mL 链霉素，置于填充 持细胞内代谢物浓度与相关标记模式。虽然 是突变的 IDH2 异构体将通过转化谷氨酰胺 5% CO2 的 37 °C 培养箱中。代谢示踪实验 如此，使用以上流程时仍需要特别注意培养 生成2-羟戊二酸 (2-HG)。 中，在标记阶段开始前 2 天，以 300000 基中浓度较高代谢物的结果解析，这是因