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insert text here Chapter 4 Transcription 1.4 Transcription is catalyzed by RNA polymerase Α: assembly of core enzyme ；unwind the double-strand； interact with activator；associated with promoter recognition（核心酶组装；DNA双链解开；与调节蛋白相互作用；与启动子识别有关） Β: forming phosphodiester bonds in initiation and elongation process （催化磷酸二酯键形成, 与β’ 一道构成催化中心） β’ : recognize and combine to the template, nonspecifically（与DNA模板非特异结合） σ : recognize promoters and ensure correct initiation（负责模板链的选择，识别启动子，保证转录正确起始） ω : unkown 核心酶不能起始转录，只有全酶才能起始转录。Sigma factor is the subunit of bacterial RNA polymeraseneeded for initiation; is the major influence on selection of binding sites (promoters). 当新生的RNA链达到8-9碱基时，σ释放，核心酶负责延伸过程。 2.1.4 RNA polymerase has many active sites 启动子: RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA序列。 ?70RNA多聚酶全酶识别的典型大肠杆菌启动子 启动子的突变影响它们所控制基因的表达水平，而不改变 基因产物本身。 上升突变（up mutation） 造成相关基因转录水平增加的启动子的突变。 下降突变（down mutation） 造成相关基因转录的丧失或大大减少的启动子的突变。 上升突变多增大共有位点的相似性或使它们之间的距离更接近 17bp，而下降突变多降低共有位点的相似性，或是使它们的距离 比17bp 更大，而且下降突变倾向于集中在最高度保守位置。 2.4 Topological problem caused by transcription 终止子（Terminator）:提供转录终止信号的DNA序列。终止因子（termination factor） ：协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子（蛋白质）。抗终止因子（anti termination factor ）：使RNA聚合酶在终止序列继续转录（通读，readthrough）的蛋白质。 ρ的活性形式为六聚体，能结合于新生RNA链并利用水解NTP所释放的能量从5‘向3’方向移动。RNA聚合酶在终止子处的延岩，给予ρ因子以追赶的机会。ρ因子通过与β亚基的作用，促进转录的终止。 Antitermination proteins allow RNA polymerase to transcribe through certain terminator sites. 抗终止因子（anti termination factor ）：使RNA聚合酶在终止序列继续转录(通读，readthrough)的蛋白质。 2.5.5 病毒基因转录的时序调控方式 3. Transcription in Eukaryotes（真核生物转录） 3.1 RNA polymerase and its corresponding genes 3.4.1 Pol Ⅰpromoter 控制rRNA前体的转录。 分两部分： 核心启动子 （core promoter）：转录起始位点附 近， -45-+20，转录起始所必需； 上游控制元件(upstream control element，UCE)： -180—-107，增加转录起始的效率。 两部分都富含GC。 Pol Ⅱ Promoter由短序列元件构成。 TATA box: 决定正确的转录起始。 UAS (UPE): TATA box上游的启动子序列。决定起始频率（即决定启动子的强弱）和特异性。 UAS: upstream activating sequence,上游激活序列。 UPE: upstream promo