基因库(GenBank)的电子邮件检索-遗传.PDFVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)21(6):43一461999 ·技 术 与 方 法 · 基因库G（enBank）的电子邮件检索① 胡德华 方 平 湖（南医科大学医药信息系，湖南长沙410078) 摘 要：基因库(GenBank）是由美国国立卫生研究院、美国国立医学图书馆以及美国国家生物技术信息 中心建立发行的，所有已知核酸和蛋白质序列及其文献和生物学注释的公共数据库 可以通过WWW. FTP,E-mail获取其中的数据，本文主要介绍了查询服务器的检索方法。 关键词：基因库；电子邮件二检索：数据库 中图分类号：Q342 文献标识码：A 文章编号：0253-9772(1999)06-0043-46 TheRetrievalofGenBankbyE-mail HUDe-hua,FANGPing (TheMedicalInformationFacultyofHunanMedicalUniversity,Changsha410078,China) Abstract:GenBankisapublicdatabaseofallknownnucleotideandproteinsequenceswithsupporting bibliographicandbiologicalannotation,builtanddistributedbytheNationalCenterforBiotechnologyIn- formation(NCBI),theNationalLibraryofMedicine(NLM)andtheUSNationalInstituteof Health(NIH).GenBankdataisavailablebyWWW,FTPandE-mail.TheretrievalofGenBankbythe QUERYserverismainlyintroducedinthispaper. Revwards:GenBank;E-mail;Retrieval:Database 1982年，美国国立卫生研究院N（IH)、美国国立医学图书馆 N（LM）和美国国家生物技术信息中心N（ational CenterofBiotechologyInformation,NCBI)等机构开始建立DNA序列数据库G（enBank）这些数据每18个月增 加 一倍，由于大量的表达序列标识(E（xpressedSequenceTags.EST)收人基因库，现在基因库中的数据每15个月 就增加一倍，并且＿有加速的趋势。 基因库中的基因数据出自30000多种不同的物种，现在每月有600多种新的物种加人到基因库中 57％的 序列出自人类 其（中49％是人类ESTs)，其次是鼠和线虫，分别占10％和9%a GenBank自创建以来就与EMBL核酸序列数据库进行了国际合作。1987年．日本国立遗传学研究所建立了 日本DNA数据库D（NADataBankofJapan,DDBJ)，并加人GenBank和EMBL的国际合作 ’〔〕。现在，这三 个数据库分别收集所在区域的核酸序列信息，形成了国际核酸序列数据库协作体I（nternationalNucleotideSe- quenceDatabaseCollaboration)，并实行数据共享，每天交换各自数据库建立的新的序列记录 现在许多期刊都 要求作者在论文发表前须将其核酸序列发送给GenBank返回的序列存取号可随论文发表2)〔。 GenBank在加强与其他核酸序列数据库之间合作的同时，也加强了与其他分子生物学数据库之间的合作。 GenBank中的序列数据有来自于EMBL,DDBJ、基因组序列数据库(GenomeSequenceDatabase,GSDB),美 ①收稿日期：1998-07-06;修订日期：1999-03-1z 作者简介：胡德华 1（972)男，汉族，湖南衡东人，硕十研究生，专业方向：生物信息学 44 遗 传 HEREDITAS(Beijing)1999 21卷 国专利局等核酸数据库的DNA序列，也有来自于PIR,SWISS-PROT,PRF(Protei