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分子模拟与计算化学 计算化学的软硬件 Hardware and Software for Computation 计算化学的工具 计算化学的基本工具是计算机 计算机包括两方面: 硬件和软件 计算机硬件的特点 计算软件的特点 稳定 支持并行 支持大内存 Linux简介 常用系列: Redhat 7.2→8.0→9.0 企业版系列2.1→3.8→4.4→5.0 支持的硬件越来越多, 但跟不上硬件的发展 其它系列: SuSE系列, Fedora Core系列, Debian系列, Ubuntu系列, BSD系列 版权: GNU(通用公共授权 ) Linux的架构 多用户系统: root为管理员, 最高权限, 管理系统和用户 文件系统以”/”为最高的根目录, 所有文件, 目录, 硬件设备(硬盘,光驱)都是一个文件或目录 其文件格式是ext3, 不是FAT32或NTFS, 但是它可以读写FAT32文件, 无法读写NTFS文件 Linux的启动选项 Linux可启动为字符界面和视窗界面 文件/etc/inittab id:3:initdefault: 字符界面 id:5:initdefault: 视窗界面 字符转视窗界面: startx 字符界面可以少使用内存100-400MB Gaussian计算采用字符界面 InsightII计算使用视窗界面搭建模型, 字符界面计算 Linux文件系统 /bin : 可执行的命令 /dev : 设备目录 /etc : 大多数设置文件, Linux启动, 网络等 /home : 所有用户都在此 /lib : 库文件 /usr : 更多的命令, 库文件, 图形界面 /root : 管理员的主目录 /sbin : 系统命令, 一般设置和查看系统信息 Linux文件的属性 Linux用户分为不同的组 对于每个文件有三类用户: 文件所有者 与文件所有者同组的 其它组的用户 文件的属性: 可读(r), 可写(w), 可执行性(x) 文件的目录属性(d) 文件属性表示 –rwxrwxrwx drwxr-xr-x drwx------ Linux基本命令: Shell Linux下人与机器的交流是通过shell进行的 Shell是一系列Linux命令以及类似c语言的控制结构组成 可以用一个命令完成一件事情 也可以把命令用控制结构组合起来完成复杂的重复劳动的事情, shell编程 用户登录 login:用户名 password: 密码 登录进去 exit (退出) Linux下的输入与输出 输入: 命令文件 输出: 命令文件 附加: 命令文件 管道: 命令|命令 Linux文件名的通配符 *: 任意个字符, *.log 所有的log文件 ?: 单个字符, CH?.log: CH1.log CH2.log,…, Cha.log, … Linux的简单命令 cat: 在屏幕上显示文件的内容 cat 文件1 文件2 … cat 文件1 文件2 … 文件a 把文件串起来放在另一个文件中 head –n 显示文件的前n行 tail –n 显示文件的最后n行 tail –f 文件名 : 监测文件的输出情况 Linux的简单命令 grep grep 字符串 文件名 grep “SCF Done” CH3COOH.log grep –i “SCF Done” CH3COOH.log cp cp filea fileb 文件拷贝 cp –r dirA dirB 目录拷贝 Linux的简单命令 ls ls 显示当前目录下文件和目录 ls –l 显示详细信息 ls –a 把隐藏目录和文件(以.开头的文件)也显示 .bashrc和.cshrc 登录时自动执行的命令文件, 设置环境变量等 mkdir 目录名: 创建目录 rm 文件名: 删除文件; rm –r 目录名 :删除目录 Linux的简单命令 ps 进程 ps –e 查看所有进程 top 动态查看系统运行情况 q 退出top状态 kill -9 进程号 : 结束此进程 Linux的简单命令 dos2unix 文件名 : 把DOS/windows格式的文件转换为Unix/Linux文件格式 df : 查看磁盘剩余空间 cd: 改变目录 ~: 用户主目录 ..: 上一级目录 chmod: 改变文件属性 chmod 755 文件名 :–rwxr-xr-x chmod +x 文件名: 此文件变得可以直接执行 Linux的简单命令 /sbin/ifconfig : 查看本机的IP地址 多机并行计算必须使用静态IP地址 env : 查看现在的环境变量 gzip, gunzip: 压缩的解压缩后缀为.gz的文件 tar: 打包文件 tar cvf aa.t