生物信息学(大三下)唐中伟老师.docVIP

生物信息学 第一章? 序论 1、? 生物学数据的特点：海量、复杂（A生物体的结构与功能以及生命活动过程本身的多样性 B生物学研究的社会学原因，生物学的实验数据无标准词法、句法） 2、? 生物信息学的概念：专指应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也称分子生物信息学。 3、? 生物信息学的发展阶段：A前基因组时代B基因组时代C后基因组时代 4、? 生物信息学的研究现状：A人类基因组B模式生物基因组 5、? 模式生物包括：鼠、拟南芥、玉米、酵母、大肠杆菌 6、? 生物信息学的基本方法：A建立生物数据库 B数据库检测 C测序分析 D统计模型 E算法 7、? 生物信息学的前沿技术：A数据管理技术B数据仓库，数据挖掘与数据库的知识发现技术C图像处理与可视化技术 8、? 我国生物信息学研究的发展方向：A建立国家生物医学数据与服务系统B人类基因组的信息结构分析C功能基因组相关信息分析D研究遗产密码起源与生物进化（尤其是分子进化）的过程与机制 9、? 生物信息学的应用——基因组分析：A将已知基因组的序列与功能联系起来B从基于常规克隆的基因分类转向基于序列及功能分析研究的基因分类C从组织与组织之间的比较来研究功能基因组与蛋白质组D从单个基因致病序列转向多个基因致病机制的研究E以基因组与蛋白质组的结构与功能关系来预测三级结构与功能，并从三级结构与功能反推可能的序列。 第四章 人类基因组计划 1.??? 人类基因组计划 (human genome project, HGP)是美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划。美国人的贡献率最大，承担了54%，其次是英国，承担了33%，日本为7%，法国为2.8%，德国为2.2%，中国科学家承担了1%的测序任务。 （1990-2003） 2.??? 分子生物信息数据库种类：① 基因组数据库；②核苷酸和蛋白质一级结构序列数据库；③生物大分三维空间结构数据库；④二次数据库。 3.??? 基因组数据库：GDB和AceDB 4.??? 序列数据库的组成：序列数据（来源：来自核苷酸和蛋白质序列测定）和注释信息（来源：一部分由计算机程序分析生成；一部分则依靠生物学家通过查阅文献资料而获得）。 5.??? 国际三大主要核苷酸序列数据库： EMBL (Eurpo Molecular Biology Laboratory) GenBack DDB J (DNA Date Base of Japan) GenBack和EMBL的数据库格式： EMBL GenBank 含义 ID LOCUS 序列名称 DE DEFINITION 序列简单说明 AC ACCESSION 序列编号 SV VERSION 序列版本号 KW KEYWORDS 与序列相关的关键词 OS SOURCE 序列来源的物种名 OC ORGANISM 序列来源的物种学名和分类学位置 RN REFERENCE 相关文献编号，或递交序列的注册信息 RA AUHORS 相关文献作者，或递交序列的作者 RT TITLE 相关文献题目 RL JOURNAL 相关文献刊物杂志名，或递交序列的作者单位 RX MEDLINE 相关文献的Medline引文代码 RC REMARK 相关文献注释 RP ? 相关文献其他注释 CC COMMENT 关于序列的注释信息 DR ? 相关数据库交叉引用号 FH FEATURES 序列特征表起始 FT ? 序列特征表子项 SQ BASE COUNT 碱基种类统计数 空格 ORIGIN 序列 7.??? 常用蛋白质序列数据库：（1）PIR（Protein information Resource）美，日，德合作的机构；（2）SWISS-PROT和TrEMBL数据库瑞士日内瓦大学创建，目前由SBI和EBI共同维护。 8.??? PIR的构成：PIR1 :序列已验证，注释最为详尽；PIR2：包含尚未确定的冗余的序列；??????? PIR3：尚未加以验证，也未加注释；PIR4：包括各种渠道获得的序列，既未验证，也无注释。 9.??? SWISS-PORT数据库最为常用，它包括：结构域，功能为点，跨膜区域，二硫键位置，翻译后修饰，突变体等。 10.???? 蛋白质数据库PDB(Protein Data Bank)的测定技术：晶体衍射方法和多维核磁共振溶液构象测定方法 11.???? PDB数据库文件存放方式：文本文件方式（每个分自个用一个独立的文件） 12.???? PDB的内容：（1）基本注释信息：包括原子坐标外、物种