人类基因组核苷酸多态性位点核小体定位分析-生物化学与生物物理进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 201 1, 38(5): 427~432 类基因组核苷酸多态性位点核小体定位分析* 刘宏德 孙 啸** (东南大学生物电子学国家重点实验室，南京210096) 摘要 研究人类基因组核苷酸多态性位点周围核小体的定位，对于分析核苷酸的变异机制有重要意义 分析了人类基因组单 核苷酸多态性(SNP)位点、简单插入位点、插入删除位点和删除位点的分布规律，以及这些位点周围的核小体定位特征 结 果表明：转录起始位点下游的核苷酸多态性位点分布呈现约2 11 bp 的周期特征，单核苷多态位点另有一个146 bp 的周期； 约2 11 bp 的周期与转录起始位点下游核小体的分布周期204 bp 非常接近，146 bp 的周期恰是核小体核心DNA 的长度 这些 结果 明核小体与多态性位点的分布关系密切 进一步研究证实，单核苷酸多态性位点多分布于核心DNA 上，且多位于核 心DNA 的两端，这使得单核苷酸多态性位点具有146 bp 周期，而插入、插入删除、删除多态性位点多分布于核小体排开区 域，间隔约为204 bp 转录起始位点下游核小体等间隔的规则分布使得多态性位点的分布也具有周期性 研究表明，相对于 核小体，不同类型变异发生的位置不同，核小体定位在基因组多态性位点的形成过程中具有重要作用 关键词 核苷酸多态性，核小体定位，周期 学科分类号 Q6 DOI: 10.3724/SP.J.1206.20 10.00204 遗传变异影响个体性状特征、疾病发生风险及 传变异位点的分布发现，在TSS 下游遗传变异存 [1-2] 在一个约200 bp 的周期，该周期与染色体的结构 个体对环境的反应等，是遗传学研究的主要内容 . 在DNA 层次上，变异表现为核苷酸的多态性，根 和核小体的定位有密切的联系 据变异数目，可将变异分为单核苷酸多态性(SNP) 本文分析了人类基因组TSS 下游多态性位点 和结构变异(structure variation)( 如拷贝数的变化， 分布的周期特征，并研究了多态性位点周围核小体 CNV) [3-4] SNP 是指DNA 序列上发生的单个核苷 定位的规律 酸碱基的变异，已经发现很多基因的SNP 位点与 1 数据和方法 [5] 疾病有关联 目前，在dbSNP 数据库中收集的简 [3] 数据 单变异位点 过2 300 万个 ；其中简单变异包括 1 1 SNP 、小片段插入(insertion)、删除(deletion) 和插 人类全基因组多态性位点和 TSS 数据来自 入删除(in-del)等[3] 研究变异发生的机制对于分析 UCSC (http :///cgi-bin/hgTables) 本 多态性与疾病之间的关系及进化机制等具有重要 文涉及的多态性位点是经过提交者验证的单核苷多 意义 态位点(single)、插入(insertion)、删除(deletion)和插 核小体是真核生物基因组的基本构建单元， 入删除(in-del)位点 利用UCSC，从人类单核苷酸 75%～90% 的真核基因组DNA 包裹在组蛋白八联 多态性数据库dbSNP (SNP 130)中获取多态性位点 [6] 数据 转录起始位点数据取自switchDbTss，该数 体上形成核小体 核小体定位是指DNA 双螺旋 相对于组蛋白核的位置 这种定位作用封闭了位于