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长非编码RNALong noncoding RNAs;2;RNA长度大于200nt RNA不编码蛋白质; 长非编码RNA发现历程; 长非编码RNA是转录组的重要组成部分; 长非编码RNA的系统发现;7;8;9;10;11;12;13;14;15;长非编码RNA是长度大于200nt，但是不编码蛋白质的一类RNA。 长非编码RNA的发现得益于高通量技术的进步。 长非编码RNA至少有58000条（ Iyer et al. 2015, Nature Genetics ）;17;RNA的研究历程;Advances in Genomics and Genetics 2015:5;; 长非编码RNA的特征 与蛋白质编码基因类似的基因结构 部分具有 PolyA尾 一般具有复杂的高级结构;Rinn and Chang, 2012; 长非编码RNA的功能 ;长非编码RNA作用机制;Rinn and Chang, 2012;目标长非编码RNA的选择;27;长非编码RNA表达谱芯片设计;29; 长非编码RNA芯片数据来源;长非编码RNA在不同的数据集有冗余 ;长非编码RNA探针设计流程;探针设计原则 探针序列的唯一性 统一探针长度 控制GC含量 控制TM值 避免单一碱基的连续重复 避免探针内部产生发卡结构;;适用范围 双通道芯片 Cy3 绿色 Cy5 红色 目的 消除由于荧光染料染色效率的差异等因素导致的系统误差对寻找差异表达基因的影响;芯片内标准化;芯片间标准化;芯片间标准化;假设检验 常用方法 Fold Change: 没有重复实验 Wilcoxon’s rank-sum test: 总体分布未知 T-test: 总体服从正态分布 Paired T-test: 样本成对出现 总体服从正态分布 SAM;差异表达基因分析;多重假设检验假阳性率校正;多重假设检验假阳性率校正;43;44;长非编码基因外显子芯片设计流程;长非编码基因外显子芯片探针数目统计;47;长非编码RNA研究案例;案例1：通过芯片筛选p53基因调控的长非编码RNA----LncRNA-p21;芯片筛选LncRNA-p21;LncRNA-p21是受p53调控的lncRNA;LncRNA-p21抑制一系列基因表达，与p53谱系相似;LncRNA-p21促进凋亡;LncRNA-p21与hnRNP-K蛋白直接结合;LncRNA-p21受p53调控，并与hnRNP-K蛋白直接结合，抑制细胞凋亡;案例2：系统发现肿瘤相关的长非编码RNA;差异表达长非编码RNA实验验证;长非编码RNA与编码基因以及miRNA相关性分析;相关文章;案例3：基于lncRNA表达谱芯片发现食管鳞癌预后相关分子标记;食管;食管;6389 lncRNA;训练集 （n=60）;③次要lncRNA剔除;③全部组合遍历;最终选择：兼顾高准确率与低复杂度;68;69;70;71;72;73;74;谢谢大家！