线粒体融合基因2启动子的生物信息学研究-中国动脉硬化杂志.pdfVIP

CN43鄄1262/ R摇 中国动脉硬化杂志2013年第21卷第2期 97 [文章编号]摇 1007鄄3949(2013)21鄄02鄄0097鄄08 ·实验研究 · 线粒体融合基因2 启动子的生物信息学研究 王佐广,牛秋丽,刘 雅,刘洁琳,顾 伟,刘 阔,楼煜清,文 杰,吴兆苏,温绍君 (首都医科大学附属北京安贞医院北京市心肺血管疾病研究所高血压研究室,北京市 100029) [关键词]摇 线粒体融合基因2;摇 启动子;摇 转录调控;摇 转录因子;摇 生物信息学 [摘摇 要]摇 目的摇 线粒体融合基因2是一个新发现的负调控血管平滑肌细胞增殖的基因,在原发性高血压患者血 管平滑肌细胞中低表达,但其调控机制还不明确。 本研究通过生物信息学方法研究线粒体融合基因2 的转录和调 控机制。 方法摇 通过使用在线软件,对线粒体融合基因2 上游5忆端的启动子分布、转录因子及其结合位点、CpG 岛、TATA box分析、保守区域等进行分析。 同时对该区SNP 的分布及其功能进行研究。 结果摇 线粒体融合基因2 上游5忆端存在5 个启动子,但是起核心作用的可能只有2 个;有2 个保守区域,存在69 个转录因子结合位点,后者 主要与炎症反应、氧化应激、细胞增殖与分化和MAPK、STAT信号传导通路相关;一个CpG 岛;15 个TATA box,有8 个处于-2000 bp 以内;32 个SNP位点,其中9 个处于核心启动子区,5 个可能会影响线粒体融合基因2 的转录。 结论摇 线粒体融合基因2上游5忆端-400 bp 以内可能存在着核心启动子,该启动子区存在着一些重要的与线粒体 融合基因2功能相关的转录因子。 同时,启动子区存在的大量SNP可能会影响基因的转录调控。 [中图分类号]摇 Q81 [文献标识码]摇 A Bioinformatic Study of Mitofusion2 Gene Promoter Region WANGZuo鄄Guang,NIUQiu鄄Li,LIUYa,LIUJie鄄Ling,GUWei,LIUKuo,LOUYu鄄Qing,WENJie,WUZhao鄄Su,and WEN Shao鄄Jun (Department of Hypertension,Beijing Institute of Heart,Lung Blood Vessel Diseases,Beijing Anzhen Hospital,Capital Medical University,Beijing 100029,China) [KEY WORDS]摇 Mitofusion2;摇 Promoter;摇 Transcription Regulatory;摇 Transcription Factor;摇 Bioinformatics [ABSTRACT]摇 摇 Aim摇 Mitofusion2 (Mfn2)isagenewhichcannegativelyregulatethehyperplasiaofvascularsmooth muscle cells (VSMC).摇 The gene is down鄄regulated in the VSMC of essential hypertensive patients.摇 However,the po鄄 tential mechanism is undiscovered.摇 Theobjectofthisstudyistoinvestigatethemechanismof Mfn2 genetranscriptionand regulation by bioinformatics.摇 摇 Method摇 By using online software,the promoter distribution,transcription factors and their bindingsites,CpGisland,TATAbox,