中国荷斯坦牛cxcr1基因编码区snp多态与临床乳房-中国农业科学.pdfVIP

中国农业科学 2017,50(12):2359-2370 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.12.016 中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP多态与临床乳房炎 和生产寿命的关联分析 1 1 1 1 2 2 1,2 王梦琦 ，倪炜 ，张慧敏 ，杨章平 ，王西朴 ，蒋彦森 ，毛永江 1 2 （扬州大学动物科学与技术学院 江苏扬州 225009 ； 江苏君乐宝乳业有限公司，江苏徐州 221721 ） 摘要： 【目的】探讨中国荷斯坦牛 CXCR1 基因编码区 SNP 突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性。【方 法】根据 CXCR1 基因编码区序列，利用 PCR-直接测序法对低 SCS 和高 SCS 样本各 20 个样本进行 SNP 筛查， 最后对所选择的 4 个 SNP 位点利用飞行质谱法对 866 头中国荷斯坦牛进行检测，同时收集所检测牛只临床乳 房炎和生产寿命等信息，利用多因素方差分析法、Logistic 回归、Cox 生存回归等方法分析以上 SNP 位点突 变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性。【结果】CXCR1 基因编码区共发现 13 个 SNP 位点（291 C＞T、 333 C＞G、337 A＞G、365 C＞T、570 A＞G、642 A＞G、735 C＞G、816 A＞C、819 A＞G、980 A＞G、995 A ＞G、1008 C＞T 和 1068 A＞G），分为 4 个连锁群，随后从每个连锁群中各选择 1 个 SNP 位点（642 A＞G, 816 A＞C, 980 A＞G 和 1068 A＞G），利用飞行质谱法对大样本中国荷斯坦牛进行检测。4 个 SNP 位点共有 9 种 单倍型，其中单倍型 GAGG 频率最高（0.3141），而单倍型 ACAA 频率最低（0.0017）。CXCR1-642 与 2 胎牛 患临床乳房炎次数有显著相关（P ＜0.05），AG 基因型个体 2 胎奶牛患临床乳房炎次数显著高于 AA 基因型（P ＜0.05），CXCR1-816 AA 基因型个体 3 胎奶牛患临床乳房炎次数显著低于 AC 和 CC 基因型（P ＜0.05），其 它 SNP 位点与各胎次临床乳房炎发生次数均无显著相关（P ＞0.05）。CXCR1-816 与奶牛离群月龄有极显著相 关（P ＜0.01），与奶牛生产月龄和离群胎次有显著相关（P ＜0.05），CXCR1-816 AA 基因型个体生产月龄、 离群月龄和离群胎次均显著高于 CC 基因型个体（P ＜0.05），而其它 SNP 位点对生产月龄、离群月龄和离群胎 次均无显著相关（ P ＞0.05）。Cox 生存分析表明：只有 CXCR1-816 位点与奶牛生存时间有显著相关(P ＜0.05)， CXCR1-816 CC 基因型个体在各时间段的生存概率均低于 AA 和 AC 基因型个体。【结论】CXCR1-816 A＞C 突变 与中国荷斯坦牛患临床乳房炎次数和生产寿命有显著相关，在进一步验证其功能后，可用于中国荷斯坦牛生 产寿命的分子标记辅助选择。 关键词：中国荷斯坦牛；CXCR1；SNP；临床乳房炎；生产寿命 Association Between SNPs in the CDS Regions of CXCR1 Gene and the Clinical Mastitis and Lifetime for Chinese Holstein 1 1 1 1 2 2