转录组测序从头组装.pdfVIP

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转录组测序从头组装

转录组从头组装 大纲 背景介绍 实验 数据质控与过滤 组装 功能注释 研究思路探讨 RNA是解密基因组的关键 基因型 表型 DNA Protein RNA 什么是转录组? 全部转录本 全部mRNA 4 大纲 背景介绍 实验 数据质控与过滤 组装 功能注释 研究思路探讨 实验流程 Total RNA Eukaryotes Prokaryotes Enrich mRNA by Oligo Remove rRNA (dT) RNA fragment ( ~200 nt) Random hexamer primed cDNA synthesis Size selection and PCR amplification Illumina sequencing RNA片段化与CDNA片段化的比较 思考  样品降解(RNase污染), DNA污染,蛋白污染的 评估? 1. rRNA 比率*28s/18s+ ≥ 1. 1, RNA完整系数(RIN)≥ 7 2. 28s和18s 条带明显(变性琼脂糖凝胶电泳) 3. 比率*260nm/280nm+ ≥ 2.0 (分光光度计测量)。 大纲 背景介绍 实验 数据质控与过滤 组装 功能注释 研究思路探讨 测序数据说明 测序数据以fq格式保存: @read ID TGGCGGAGGGATTTGAACCCCCCCTTTTAAAAAAAAA + BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB 碱基质量值= ASCII值–64 范围:2-40 Qphred =-10 log10(e) 表1 Solexa测序错误率与测序质量值简明对应关系 测序错误率 测序质量值 对应字符 1% 20 T 0.1% 30 ^

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