R语言基础与ggplot2绘图.pdfVIP

R语言应用 杨滢 主要内容 R语言基础 ggplot2绘图 R语言基础 Reference: • 统计建模与R软件。薛毅。清华大学出版社。 • R语言与统计分析。汤银才。高等教育出版社。 • R语言实战（R in Action ）。著：RobertI.Kabacoff ；译：高涛/ 肖楠/ 陈 钢。人民邮电出版社 R语言简介 • R是一种有着强大统计分析和作图功能的软件系统（编程语言）； • 统计分析能力突出，部分统计功能整合在R语言的底层，但大多数则 以包(packages) 的形式提供，资源极其丰富； • R具有强大的数据展示能力，高质量的图像生成，各种现代图像库： graphics，grid ，lattice，ggplot2...； • R 的编程语言本质，注定了其强大的拓展和开发能力，可以编制自己 的函数，或制作独立的统计分析包，快速实现新算法； • 灵活，便于与其他工具整合，实现流程化； • 官方网址：http :// ； R软件下载和安装 注： 为了后续课程顺利进行，考虑到程序包的兼容性，请安装2.15.3版本 程序包(packages)的安装和加载 Bioconductor 的包 •source(/biocLite.R) •biocLite(DESeq) library()/ 非Bioconductor 的包 • install.packages(ggplot2) require() •下载相应的软件包到本地 若均无法安装 •R CMD INSTALL 软件包的压缩文件名称 基本知识 • 符号： 命令或者运算提示符 +续行符 • 基本算术运算 +加号 -减号 *乘号 / 除号 ^乘方 • 赋值符 = 或- 或- • 求助符 ？或help() 数据结构与语法 • 在R运行时，所有变量、数据、函数以及结果都是以对象的形式存入 计算机的活动内存中的，并冠以相应的变量名。在R 中进行的所有操 作都是针对存储在活动内存中的对象的。 数据结构 向量 • 定义：用于存储数值型、字符型或逻辑性数据的一维数组。 • c()创建向量,eg: a-c(1,2,3,4,5,6) b-c(one,two,three) c-c(TRUE,FALSE,TRUE,TRUE,FALSE) • seq(),rep()创建有规律的数值型标量,eg: x-1:5 y-seq(-5,5, by=1) z-rep(c(1,4,6), times=3) 常用统计函数 • max(x) 最大值 • min(x) 最小值 • range(x) 数值的范围 • which.max(x) 最大值下标 • which.min(x) 最小值下标 • mean(x) 均值 • median(x) 中位数 • var(x) 方差 • sd(x) 标准差 • length