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Quantity One 使用详解 1 - 内容简介 凝胶电泳是每个做分子生物学的同学天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本 身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，比较有名的比如 BandScan 、 BandLeader、Sigma Gel 等等。今天要向大家介绍的是来自 Bio-Rad 的 1D 凝胶定量软件 Quantity One （Bio-Rad 还有一个做2D 凝胶分析的软件PDQuest）。这个软件的必威体育精装版版本 可以在Bio-Rad 的主页免费下载。目前的必威体育精装版版本是4.52 版 2 - Quantity One 的定量方法 Quantity One 的分析功能顾名思义主要用来进行凝胶或者培养皿的荧光定量分析。它的分析功 能或者说分析方式主要有4 种：泳道/条带轨迹定量法；等高线直接定量法；菌落计数；分子量 测定 这三种方法中使用最为方便也是最为广泛的应该是等高线定量法 （Volumn Contour ）。它通 过半自动描绘电泳条带的等高线边缘来得到等高线区域内部面积，再将该面积乘以区域内平均光 密度值得到条带内部总的信号量。当然这种分析方法的弊病显而易见：无法同等得排除不同泳道 的背景亮度；等高线的绘制处于“半自动”状态，即需要人为判断作为等高线标准的电泳条带的边 缘；最致命的是在几个电泳条带距离十分接近的时候几乎无法绘制单一条带的轮廓（常出现连续 的几个条带等高线相连而无法分离出单独条带的轮廓）。 三种方法中个人感觉最为科学和严谨的应该是泳道/条带轨迹定量法 （Trace Tracking ）。这种 方法使用起来步骤较为繁琐，必须通过泳道识别电泳条带识别两个连续的步骤才能进行定量。 然而这种方式的最大优点在于它可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量。他的定量方式为： 首先根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下面积作为电泳条带的 定量根据。大家可能会问他能不能排除泳道背景？答案是肯定的，它能够最大程度的排除不同泳 道之间的背景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎相同的起跑线上进行对比。这个背 景排除功能是等高线法无法做到的 （等高线法也有基本的背景排除办法，但是和泳道/条带轨迹 定量法的背景排除不是一个等级的。等高线法只能排除同一泳道上的背景，而不能均等的排除不 同泳道的背景）。另外泳道/条带轨迹定量法还可以结合Gauss Model Bands 对紧密相连的电 泳条带进行分析，而这种条带也是等高线法无法分析的。我们此次重点学习这个方法。 第三个分析功能是菌落计数 （Colony Counting）。这个功能其实很实用，可以分析蓝白筛选 的结果。但是很奇怪我的电脑居然无法运行这个功能， 因此无法向大家介绍了。 另外Quantity One 还可以通过回归曲线测定分子量。 3 - Quantity One 的基本常用菜单操作 下面让我们了解一下Quantity One 常用的基本菜单操作。 打开文件：由于Quantity One 是Bio-Rad 的硬件配套软件，因此Quantity One 可以自动输 入来自Bio-Rad 公司的凝胶分析仪的数据。具体支持哪些硬件大家可以在 “Edit-Preference-Imagers”里面设置。如果您的实验室没有采用Bio-Rad 的硬件设施也没关 系。您只要将电泳图片用ACDSee 等程序转换为TIF 图片格式就可以被Quantity One 识别了。 注意Quantity One 只支持8 位和 16位灰度的TIF 文件。 Quantity One 似乎有一个小bug，就是在按“Open”之后并没有立刻弹出资源管理器让你选择 目标文件的位置。其实你只要将鼠标在屏幕右下方点击一下，资源管理器就会乖乖弹出来了. Quantity One 只能分析白色背景+黑色条带的电泳图。而我们正常情况下得到的一般都是黑色 背景+白色条带的电泳图。我们可以在“I