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chap5_DNA物理作图2
ENCODE研究方法 ENCODE研究方法 ENCODE数据 转录数据 ENCODE数据 ENCODE数据 小RNAs 转录起始和终止 蛋白结合RNA翻译区域 TFBS 染色质结构和修饰 DNA甲基化 染色质相互作用 … That’s all today Thanks for your attention Questions? 序列比对动态规划算法 问题分解 AGC AAAC AG AAAC C - AGC AAA - C AG AAA C C A AAAC G - AG AAA - C A AAA G C AG AAA C - AGC AA - A AG AA C A A AAA G - AG AA - A A AA G A 序列比对问题分解 状态转移计算:Sim(s[1...i],t[1...j])为序列s[1..i]和t[1...j]的相似度量 打分矩阵 - A T C T - 0 -2 -2 -2 -2 A -2 1 -1 -1 -1 T -2 -1 1 -1 -1 C -2 -1 -1 1 -1 G -2 -1 -1 -1 1 序列对比计算 0 A G C 0 0 (-/-) -2 (A/-) -4 (AG/--) -6 (AGC/---) A -2 (-/A) 1 (A/A) -1 (AG/A) -3 (AGC/A) A -4 (--/AA) -1 (A/AA) 0 (AG/AA) -2 (AGC/AA) A -6 (---/AAA) -3 (A/AAA) -2 (AG/AAA) -1 (AGC/AAA) C -8 (----/AAAC) -5 (A/AAAC) -4 (AG/AAAC) -1 (AGC/AAAC) → sim(-/A)+sim(A/-) -4 ↓sim(A/-)+sim(-/A) -4 ↘ sim(-/-)+sim(A/A) 1 → sim(A/A)+sim(G/-) -1 ↓sim(AG/-)+sim(-/A) -6 ↘ sim(A/-)+sim(G/A) -3 → sim(AG/A)+sim(C/-) -3 ↓ sim(AGC/-)+sim(-/A) -7 ↘ sim(AG/-)+sim(C/A) -5 → sim(-/AA)+sim(A/-) -6 ↓ sim(A/A)+sim(-/A) -1 ↘ sim(-/A)+sim(A/A) -1 → sim(---/AAA)+sim(A/-) -8 ↓ sim(A/AA)+sim(-/A) -3 ↘ sim(--/AA)+sim(A/A) -5 → sim(----/AAAC)+sim(A/-) -10 ↓ sim(A/AAA)+sim(-/C) -5 ↘ sim(---/AAA)+sim(C/A) -7 序列比对结果 AAAC-/-AG-C 序列比对结果 AAAC/AG-C AAAC/A-GC 局部比对 子串之间的比对得分可能高于整个字符串的比对得分 从最高得分倒推 AGC/AAC 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 A G C 0 A A A C 0 0 1 0 1 0 0 1 习题6 (-2,-1,1) : ACGGAGG/ACGTAGG 0 A T A C T A C G G A G G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 G 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 A 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 A 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 C 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 G 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 1 1 1 T 0 0 1 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 A 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 3 1 0 0 G 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 4 2 1 G 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 5 3 C 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 4 G 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 1 2 T 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 A 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 T 0 0 2 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 半全局比
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