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初品BioPerl（第一篇：让BioPerl在你的电脑上安家）九月 18, 2010Perl的模块有两类，一类是内置在Perl中的，比如小驼书中提到的CGI，File::Basename等，所以你无须另外下载安装这些模块即可使用它们；另一类则是与Perl相分离的，所以你要下载并安装才可以使用它们。很不幸，BioPerl属于后者。而且，安装过程对某些人某些电脑来说不是很容易。??????? 首先，如果你恰巧跟上了因Ubuntu10.04的发行带来的Linux崇拜潮流，已经成功抛弃了Windows Xp转向Ubuntu的话，那么恭喜你，安装BioPerl和安装gimp之类的应用软件一样简单！?打开新立德软件包管理器，输入BioPerl有哪些信誉好的足球投注网站，出现的第一项就是（目前的版本是1.6.1），然后右键点击选择“安装”，系统就会自动把所有依赖的软件包全部安装上。怎么样，是不是很方便呢？而且将来某一天若BioPerl有了更新，可以很方便地使用新立德来升级。????? 当然，如果大家都这么方便的话，我就不用写这篇文章啦！对于使用其他Linux和Unix系统的人来说可能未必有这种软件包管理器（即使有，在软件源里也未必有BioPerl的安装文件）。但是所有的类Unix系统应该都支持“源代码编译安装”的方式（这是不少Linux高手自认为很酷的装软件方法，哪怕现在还有好多人在用。新手最好不要用，很容易出现问题）。????? 对于这些类Unix系统的用户来说，安装BioPerl和安装一些普通的软件方法是一样的，步骤是：???? （1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址：??????/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz??????/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz???? （2）进入该目录，然后执行下列命令：$ perl Build.PL$ ./Build test# ./Build install?????? 注意：执行./Build install时必须要有系统管理员权限。????? 这种方法看起来好像挺简单的，但其实不太容易。因为BioPerl和许多其他模块有依赖关系，所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最好要在连接Internet的情况下安装才行。如果你只想用BioPerl的核心模块，不想使用额外附加功能，可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否会出现问题。***********************???????? 分割线?????????? *******************************????? 接下来要处理最麻烦的一种操作系统：Windows。因为在Windows上使用“源代码编译安装”并不容易（甚至可以说就是不行的！）。????? 如果你的英文水平还不错，请阅读以下文章：??????/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows????? 如果你实在不想看英文，请跟着我走：????? 相信大多数Windows用户应该是使用ActivestatePerl的版本，首先确保它是必威体育精装版的。安装BioPerl有两种方式：???? （1）使用ActivestatePerl的PPM（Perl包管理器）来安装。这种方法速度很慢，如果你机器配置不够好的话只有等着死机。???? （2）使用命令行模式安装。这种方法经过我测试，很稳定，强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接????? 你需要执行的命令是：?C: ppm-shell(回车出现下一行)ppmppm repo add?/DISTppm repo add uwinnipegppm repo add trouchelleppm install BioPerl?????? 注意看仔细了，别打错字母！????? 根据小驼书的说法，判断系统上是否已经安装了一个模块，可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档，说明已经安装成功了，否则呢，还是自己找一下原因吧！????? 对于BioPerl来说，我们可以查看其中的一个模块的文档：perldoc Bio：：Seq???????不要自作主张地写成perldoc BioPerl ！找不到的！因为并不存在BioPerl.pm这种模块，它只是一个统称而已。对于Ubuntu用户来说，perldoc这个命令默认没有安装，自己手动把它安装上去即可。?????? BioPerl安家之后，我们就可以尽情地享受它带来的乐趣。初品BioPerl（第二篇：构造一条fasta序列）十月 8, 2010接下来我们就来讨论BioPerl的用法。根据一句经典名言，Perl的用途“90%与文本处理有关，