基于因特网的常用化合物活性数据库简介.PDF

第27 卷 第12 期 Vol.27, No.12 2010 年12 月28 日 Computers and Applied Chemistry December, 2010 基于因特网的常用化合物活性数据库简介 * 王凯，阎爱侠 （北京化工大学化工资源有效利用国家重点研究室，生命科学与技术学院，北京，10002） 摘要：随着互联网技术的不断发展，使在线资源变得丰富而便于查询。对于科研工作者来说，在线免费检索化合物结构与活性 变得更方便快捷。本文介绍了几个常用的化合物活性数据库,并对其站点，内容，检索方式以及各自特点等做了简要阐述。其中 PubChem、ChemBank 和ChEBI 是关于小分子生物活性的公共数据库，eMolecules 和ChemExper 是关于商购化合物的数据库， 他们的检索方式主要有文本检索和结构检索。DrugBank 是 1 个包含药物的结构、药效、作用靶标等信息的综合数据库，有 ChemQuery、TextQuery、SeqSearch 和Data Extractor, 4 种检索形式。ZINC 数据库是1 个免费的用于虚拟筛选的化合物数据库， 主要进行化合物结构检索。ADME/Tox Boxes 和Molinspiration Cheminformatics 是对分子性质进行计算和预测的数据库，用户可 以通过分子结构的输入或SMILES 进行检索。 关键词：化合物活性；数据库 中图分类号：TQ015.9; TP391.9; O6-39 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2010)12-1629-1632 Internet 在线检索具有信息量大，检索方式多样，检 文本检索包括分子名称和ID ，其中ID 既可以是PubChem 索效率高等特点。伴随着生物和化学信息学的出现以及 的化合物ID （SID、CID、AID ），还支持外部ID 检索， 网络技术的发展，一些重要的基于国际互联网服务的化 例如，若所要有哪些信誉好的足球投注网站的化合物有DTP/NCI 的数据库ID 为 学化工数据库已经逐渐引起了人们的重视[1] 。使用这些数 “NSC78”，可以直接输入“NSC78”进行有哪些信誉好的足球投注网站。另外，还可 据库进行化合物活性检索方便、快捷，现对其逐一介绍。 以输入1 个数值范围，例如，有哪些信誉好的足球投注网站分子量在100~200 之 间的化合物可以输入“100:200[mw]”，xlogP 在2.3~2.4 之 1 PubChem 间可以键入“2.3:2.4[xlogp]” 。PubChem 还可以进行结构 PubChem() 是由美国 有哪些信誉好的足球投注网站，并且支持精确检索（exact search ）、子结构检索 国家卫生研究所（NIH ）建立的关于小分子生物活性的 （substructure search ）和相似性检索（Similarity search）。 公共数据库[2] 。它包括3 个初级数据库——Pcsubstance ， 从PubChem 的Structure Search 界面中可以看到，用户可 Pccompound 和PCBioAssay ，它们分别包含了物质信息、 以通过手工绘制，或输入检索结构的SMILES、分子式， 化合物的结构信息和生物活性信息。 或在线打开已有的结构文件等多种形式实现检索结构的 到目前为止，Pcsubstance 中已包含 7000 多万个记 录入，并且，在其下方的option 和Filters 标签里可以对