基于高通量测序的出芽短梗霉转录组学研究deep sequencing-based .pdfVIP

计算分子生物学(网络版), 2016 年, 第 5 卷, No.4 1-10 Jisuan Fenzi Shengwuxue (Online), 2016, Vol.5, No.4 1-10 研究报告 Research Report 基于高通量测序的出芽短梗霉转录组学研究 马赛箭 , 安超 , 薛文娇 , 上官亦卿 陕西省微生物研究所, 西安, 710043 通讯作者: X-wenjiao@163.com 作者 计算分子生物学, 2016 年, 第5 卷, 第4 篇 doi: 10.5376/.2015.05.0004 本文首次发表在 《基因组学与应用生物学》(2016 年第35 卷第4 期931-941 页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License 协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。 建议最佳引用格式： 引用格式(中文) ： 马赛箭等, 2016, 基于高通量测序的出芽短梗霉转录组学研究, 计算分子生物学(online), 5(4): 1-10 (doi: 10.5376/.2014.05.0004) 引用格式(英文) ： Ma et al., 2016, Deep Sequencing-based Transcriptome Analysis of Aureobasidium pullulans , Computational Molecular Biology (online), 5(4): 1-10 (doi: 10.5376/.2014.05.0004) 摘 要 为获得出芽短梗霉合成普鲁兰多糖的转录组信息，揭示出芽短梗霉生长发育过程中转录组的整体表达特征，本研 究采用Illumina HiSeq 2500 平台对出芽短梗霉swp 35 进行高通量测序，结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基 因预测。通过测序、组装共得到29919 条Transcript 和20312 条Unigene 。所有Unigene 与NCBI 的非冗余蛋白质数据库(Nr) 进行相似有哪些信誉好的足球投注网站(E 值10-5)，结果一共有 13,465 个Unigene 与数据库中的已知基因同源。此外，还对Unigene 进行了 GO、 COG 和KEGG 的功能注释、分类及通路分析，获得一批与普鲁兰多糖合成相关的基因。通过高通量测序，获得了丰富的出 芽短梗霉合成普鲁兰多糖的转录组数据，为深入研究出芽短梗霉合成普鲁兰多糖的代谢调控提供了有价值的数据。 关键词 高通量测序; 出芽短梗霉; 转录组; 基因注释 Deep Sequencing-based Transcriptome Analysis of Aureobasidium pullulans Ma Sajian , An Chao , Xue Wenjiao , Shangguan Yiqing Microbiology Institute of Shaanxi, Xi’an, 710043 Corresponding author, x-wenjiao@163.com Authors Abstract To obtain transcriptome information of Aureobasidium pullulans , and reveal the overall expression characteristics of A. pullulans transcriptome during growth process. The transcriptome of A. pullulans was sequenced by Illumina HiSeq 2500 platform, meanwhile, gene expression profiling and functional gene were predicted by using bioinformatics m